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关于ncRNA，当然经典的肯定是miRNA，而lncRNA虽然红了几年，但是至今没有发现什么真正有用的，而且最近有专家已经在Circulation: Cardiovascular Genetics发表述评表示疑问。而这circRNA，是这两年的热门，文章量和基金量在一直飙升。 关于miRNA、lncRNA、circRNA的研究，基本脱离不了以下几个阶段： 第一阶段，基本就是文章的基础，也是烧钱阶段；而这一步一般还需要生物信息学技术支持，尤其是Gene Ontology和KEGG，已经其他各种预测软件等，如mirbase，circbase，lncRbase，starbase等，这些软件，前前后后估计差不多上百个了，不需要会太多，搞懂一两个基本就可以了；还有个软件Cytoscape，这个功能强大，需要重点学习。这是第一步，也是很多文章中占据不小篇幅的一步，也是很多人看文章可能最头疼的一步；不过，多看几篇，基本就懂了；这一步单纯发文章的也有，早年的时候分还不低； 第二阶段，大样本PCR验证，这个基本就是现在好多实验的终点，基本很多都是在这一步后就发文章了；很多就是发现一个ncRNA可以作为biomarker或者差异表达，基本都是5分以下文章； 第三阶段，这个其实就是看文章上不上台阶的一步，5分以上的，这一步才是关键。基本都先是靶基因预测和验证，然后看是否有增殖、凋亡、再生和调控某些信号通路之类，然后进行转基因验证。这一步也是烧钱地方，也是技术含量最高的地方，一系列基本实验：WB/IHC/PCR/IF/转染等全是在这里烧钱和花时间，各种mimic、inhibitor和转基因小鼠。但是这一系列下来，文章水平自然不差。 当然，现在ncRNA已经遍及世界各个角落，像上面这几步骤做发文章也不容易了，所以需要组合拳。 最近见得比较厉害也比较省时间的就是下面几种：1、circRNA测序or芯片，circRNA毕竟还比较新，靠这个发文章这两年不少； 2、circRNA测序or芯片加上简单功能验证，加上增殖、凋亡等功能，现在的主要方向； 3、circRNA测序or芯片加上mRNA差异表达； 4、circRNA or lncRNA测序or芯片，然后找出其互相作用的miRNA，从miRNA方面进行功能解释和验证； 5、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片，进行组合测序，筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA，然后进行生物信息学分析，筛选Gene Ontology和KEGG功能和信号通路；or进行靶基因预测和验证；还有对筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA进行可能结合miRNA，从miRNA方面进行功能解释和验证，毕竟miRNA功能验证已经成熟和经典，而且存在sponge这个东西，可以互相作用； 6、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片再加miRNA测序or芯片再再加mRNA差异表达筛选，这是最厉害的吧（当然，这一步也会让各种公司获取利益，盆满钵满），基本能搞的都搞了，靠这样，发了5、6分SCI的最近不少，文章中就是大量的图··· 这样说可能比较含糊，来几个案例： 1 单独ncRNA和功能研究，miRNA的很多了，来一个circRNA的 与miRNA一个套路，先芯片，然后筛选差异表达，然后简单功能验证 Circular RNA has_circ_0067934 is upregulated in esophageal squamous cell carcinoma and promoted proliferation. Xia, W.; Qiu, M.; Chen, R. (...). Scientific Reports, 2016, 6, 35576. 2、circRNA or lncRNA测序or芯片，然后找出其互相作用的miRNA，从miRNA方面进行功能解释和验证
A circular RNA protects the heart from pathological hypertrophy and heart failure by targeting miR-223. Wang, K.; Long, B.; Liu, F. (...). European Heart Journal, 2016, v713 3、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片，进行组合测序，筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA，然后进行生物信息学分析，筛选Gene Ontology和KEGG功能和信号通路； Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma. Huang, M.; Zhong, Z.; Lv, M. (...). Oncotarget, 2016
第一步：筛选差异表达circRNA、lncRNA、mRNA 4、circRNA测序or芯片加上lncRNA测序or芯片再加miRNA测序or芯片再再加mRNA差异表达筛选 Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Dou, C.; Cao, Z.; Yang, B. (...). Scientific Reports, 2016, 6, 21499
第一步：筛选差异表达circRNA、lncRNA、miRNA和mRNA  |
