在生物信息学分析里，各种symbol的相互作用网络（interaction network）的研究非常丰富，数据相对复杂。Cytoscape就是一个专用于互作网络数据可视化的软件，比如蛋白-蛋白相互作用（Protein-Protein interaction, PPI）、还有mRNA–microRNA相互作用。学习一个软件，首先我们需要下载和安装这个软件。下载地址：Cytoscape3.5.1Cytoscape的安装和其他软件一样，非常简单，这里要注意的就是，Cytoscape的工作基于JAVA的，所以需要安装JAVA，可以直接下载JAVA安装。Cytoscape的使用包括以下几个步骤： 1、新建txt的输入文件，这个文件一般至少含有两列，就是需要做分析的，相互作用的两类symbol，当然也可以更复杂的调控。比如lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，就含有lncRNA和miRNA的关系，miRNA与mRNA的关系。 这里如果需要做比较负责的图，这里还需要准备另外一个txt输入文件，就是两类symbol的属性，这样可以非常简单设置形状和颜色。 2、导入网络文件，和属性文件。 3、对各种参数进行修改，得到满意的网络图。 4、输出结果，保存原始文件，以便后期修改。 视频在线学习： 部分手机可能不支持播放，需要用手机观看请关注微信公众号，里面有“视频资料”一栏，可以手机观看 电脑浏览器可以直接观看，记得关注公众号。 加小二QQ：2749657388 (责任编辑：乐老师)  |
