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ICGC数据库SNP突变数据挖掘

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发表于 2019-5-29 21:43:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
ICGC数据库SNP突变数据挖掘
--生信自学网光俊
      ICGC这个作为TCGA的孪生数据库,在文章中经常和TCGA同时出现,相互验证。不久前,我们生信自学网录制了ICGC表达数据挖掘的视频,可以和TCGA的差异分析、生存分析、生存模型相互验证。
      今天,生信自学网为介绍ICGC数据的突变数据分析套路。首先,我们从ICGC下载突变数据,对数据进行整理,得到突变矩阵并绘制瀑布图。接下来,我们通过生存分析,找出与想生存显著相关的突变。最后,生信自学网给大家介绍热门的肿瘤突变负荷分析,得到每个样品的TMB值,并分析TMB值和生存之间的关系。
       ICGC(International Cancer Genome Consortium,国际肿瘤基因组协作组),主要目标是全面阐明导致全球人类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。ICGC收集了50种不同癌症类型(或亚型)的肿瘤数据,其中包括基因异常表达,体细胞突变,表观遗传修饰,临床数据等。ICGC包括亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目,包括25,000个肿瘤基因组。  


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