(4)TCGA-Assembler 可以使用TCGA-Assembler这软件去下载TCGA的数据http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/。TCGA-Assembler不但可以很方便的下载数据,还能对数据进行初始化处理,非常方便。下载完后,我们使用首先要安装一些依赖包。通过下面的命令:
install.packages(c('HGNChelper', 'RCurl', 'httr', 'stringr', 'digest', 'bitops'), dependencies=T)
安装完了依赖包,我们进入刚才下载的TCGA-Assembler的目录,使用setwd(C:/Users/cloud/Desktop/TCGA-Assembler)设置TCGA-Assembler的目录为工作目录,接下来,我们就可以下载数据了。我们需要下载什么数据,就选择相应的脚本。具体代码见丁香网有具体的讲解。 (5)GenePattern。 这些工具使用起来还是有其局限性,都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵(例如基因为rows,样本为columns)。
参考资料: http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp http://dcc.icgc.org/download/current http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/ http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/download/index
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