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ICGC数据库表达数据挖掘

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发表于 2019-5-11 22:20:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
ICGC数据库表达数据挖掘
--生信自学网光俊
       前段时间我们介绍了ArrayExpress数据,它可以称为是GEO的孪生数据库。今天我们要介绍一下另一个数据,它被作为TCGA数据库的孪生数据库。我们在做TCGA数据库时,如果需要做验证,我们很多时候会采用外部数据库验证的方式进行验证(当然有的学员能做实验验证更好了)。那么这个时候,ICGC数据库的价值就呈现出来了。
       ICGC(InternationalCancer Genome Consortium, 国际肿瘤基因组协作组),主要目标是全面阐明导致全球人类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。ICGC收集了50种不同癌症类型(或亚型)的肿瘤数据,其中包括基因异常表达,体细胞突变,表观遗传修饰,临床数据等。ICGC包括亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目,包括25,000个肿瘤基因组。
       生信自学网的ICGC视频课程主要从数据下载出发,然后进行数据整理,做差异分和生存分析。接下来,为了找到跟预后相关的基因,我们对差异基因进行单因素COX分析,找到预后相关的基因。由于找到的预后基因比较多,生信自学网通过Lasso分析对基因进行筛选,过滤掉相关性高的基因。我们在对Lasso回归筛选后的基因构建COX模型,计算出每个病人的风险值。至此,我们的生存预后模型就构建好了。最后,我们就是各种可视化,比如风险生存分析、ROC曲线、风险曲线、独立预后分析、森林图、列线图等。
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