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ceRNA综述、数据库及经典文章

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发表于 2017-9-6 10:13:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
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ceRNA机制揭示了一种RNA间相互作用的调控模式。ceRNA是一类具有miRNA结合位点,能够竞争性结合miRNA抑制其对靶基因调控的RNA。之前我们介绍过mRNA、lncRNA、circRNA以及假基因均可以作为ceRNA通过MREs来结合miRNA从而调控下游靶基因的表达。

一、近期ceRNA高分Review
1、Competing endogenous RNAs: a target-centric view of small RNA regulation in bacteria.Nat Rev Microbiol.
sRNA一般是指细菌中发现的微小RNA,其中microRNA属于sRNA的一种。许多细菌的调控性sRNA具有多个mRNA的靶点,这使得它们位于调控网络的中心,可使得细菌能适应环境的变化。而mRNA对sRNA竞争性结合取决于浓度和对sRNA的亲和性,调控性sRNA能介导细菌mRNA间的调控网络。
2、Endogenous microRNA sponges: evidence and controversy.Nat Rev Genet.
关于ceRNA假说已经提出多年:转录本共享miRNA结合位点,实现转录后调控,该假说实现了lncRNA、假基因、circRNA、mRNA的统一调控功能。
而近期的研究,模型转录组范围内的结合位点丰度表明大多数个体转录本表达的生理变化并不能损害miRNA的活性。该综述仔细评估了ceRNA假说的正面及反面证据来评价内源性miRNA海绵作用的影响。
3、ceRNA cross-talk in cancer: when ce-bling rivalries go awry.Cancer Discov.
ceRNAs通过共享miRNAs实现相互对话,这代表着一种新的基因间的调控方式,且在生理及疾病发展过程中起着很重要的作用。与mRNA类似,lncRNA、假基因等具有MREs(miRNA反应元件)。ceRNA能竞争性结合miRNAs,为含有MREs的功能ncRNA提供了调控框架,将其与蛋白编码的RNA联合到了一起。
二、一些ceRNA相关的数据库
1、StarBase
StarBase太强大了
2、Pictar,Targetscan,miranda
这三个数据库都是预测miRNA靶基因的
3、DIANA Tools
该数据库功能强大,是多个数据库的结合体

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 楼主| 发表于 2017-9-6 10:14:05 | 显示全部楼层
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三、ceRNA的经典文献
1、A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language?Cell. 2011 Aug 5;146(3):353-8.
2、Coding-independent regulation of the tumor suppressor PTEN by competing endogenous mRNAs.Cell. 2011 Oct 14;147(2):344-57.
3、A long noncoding RNA controls muscle differentiation by functioning as a competing endogenous RNA.Cell. 2011 Oct 14;147(2):358-69.
4、HMGA2 functions as a competing endogenous RNA to promote lung cancer progression.Nature. 2014 Jan 9;505(7482):212-7.
5、The BRAF pseudogene functions as a competitive endogenous RNA and induces lymphoma in vivo.Cell. 2015 Apr 9;161(2):319-32.
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发表于 2017-9-21 10:00:19 | 显示全部楼层
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也想抓住这个热点,思路很好,TCGA是什么
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