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Targetscan预测miRNA靶基因

时间:2017-06-05 14:12来源:原创作者:BioWolf 点击: 次

miRNA靶基因预测的工具非常多，如果使用单个预测工具，得到的靶基因数目非常多，这是需要利用做交集的办法，减少miRNA靶基因数据，得到更加准确的靶基因，使用的方法就是多个预测工具分

miRNA：hsa-miR-486-5p
在线工具：miRDB、Targetscan、TangetMiner
实验方法：
1、分别在miRDB、Targetscan、TangetMiner三大在线工具预测hsa-miR-486-5p靶基因，下载相关靶基因
Targetscan在线工具界面

图1 Targetscan在线预测界面
miRDB预测工具界面

图2 miRDB在线预测界面

图3 TargetMiner在线预测界面
2、三大在线工具预测的靶基因，做交集处理，得到相对可靠的miRNA靶基因
3、miRNA靶基因做GO功能分析
实验数据：
1、miRDB得到496个miRNA靶基因
Targetscan得到35个miRNA靶基因
TangetMiner得到2091个miRNA靶基因
2、三个在线工具预测结果做交集的，得到miRNA靶基因
交集基因