这节课给大家讲解如何从NCBI数据库检索GEO芯片,下载矩阵文件,用来做GEO芯片的差异分析。...
miRNA靶基因预测的工具非常多,如果使用单个预测工具,得到的靶基因数目非常多,这是需要利用做交集的办法,减少miRNA靶基因数据,得到更加准确的靶基因,使用的方法就是多个预测工具分...
GEO表达谱芯片分析的技术非常成熟,发表的相关论文也非常多,如果需要深入研究GEO表达谱芯片,多芯片联合分析提供了很好的思路,这样得到的差异基因,更加具有说服力;同时可以联合TC...
之前的课程我们讲解了如何从GEO数据库检索芯片数据,这节课给大家讲解如何从下载的数据中提取需要的矩阵文件。 下载的数据是压缩包格式,首先解压,得到soft文件,然后用UI文本编...
从GEO数据库下载得到表达谱的矩阵文件,利用R软件做差异分析,这里用到的R包是limma.R,可以得到差异基因,差异基因上调、下调,归一化处理,热图,火山图。...
我们已经构建好了蛋白互作网络,接下来我们就希望使用cytosc...
相关性分析与PPI网络的构建...
GO与KEGG的富集分析...
1、差异分析 2、id转化...
单分析单因素就是将这里面的所有的因素,一个一个跟我们的生...
我们找到目标基因之后,我们想看一下我们的目标基因跟哪些临...