相关性分析与PPI网络的构建

1、相关性分析
我们做完了差异分析之后，我们把上调最显著的20个基因和下调最显著的20个基因进行相关性分析。当然我们在做这个分析的时候，我们是上调和下调都超过了20个的时候。我们才能把上调最显著的和下调最显著的20个挑出来做分析。我们做分析的时候，有时候我们做的上调有35个基因，下调只有15个基因。那我们做这个图的话，那我们就可以在上调里面把最显著的20个基因挑出来。但是下调的时候，他只有15个，那我们就把这15个基因挑出来做这样的相关性分析的图形。下面我们看一下这个图，这个图的话，它的横纵坐标都是基因，并且他们是完全一致的，顺序名字都是一致的。然后在对角线上两个基因，自己和自己比较，所以他们的相关性是最强的，这里的红色的点就代表这两个基因之间是正相关的关系，然后绿色的点就代表这两个基因是负相关的关系。我们主要可以找出我们的目标基因，找到了我们的目标基因之后，我们就可以看一下我们的目标基因跟哪些基因是正相关的，跟哪些基因是负相关的，并且可以通过颜色的深浅判断相关性的强弱，颜色越深相关性越强。

下面我们来看一下临床相关性分析需要的脚本和输入文件，输入文件的话我们需要得到差异分析相关性文件，这个在我们之前的文章中已经得到了就是corInput.txt，还有就是生信自学网提供的脚本文件。

用R运行脚本文件，我们就可以得到我们相关性分析的结果图形。

2、PPI网络的构建
我们得到了差异基因之后，我们就可以用这些差异基因。去构建蛋白互作网络，我们就可以得到这样一个图形。这个图形的圆圈就代表我们的蛋白，如果两个蛋白之间有连线的话，就说明这两个蛋白之间具有相互作用的关系。

接下来构建蛋白互作网络，我们需要的输入文件是差异分析得到的差异基因文件，这在我们做差异分析的时候已经得到了。接着打开浏览器，搜索STRING PPI，进入网页http://string-db.org/cgi/input.pl?sessionId=bQd8eIWGtELS&input_page_show_search=on
将差异基因文件里的基因名复制粘贴到如下图所示的位置，选择好要研究的对象，点击开始，等待网页加载完成，在最后面点击继续按钮，这样我们就可以得到我们的蛋白互作网络图形。