TCGA数据库改版下载的数据变了只有STAR – Counts没有看到FPKM 2022年3月底,跟往常一样,输入TCGA gdc的网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 选择菜单栏的Repository,进入数据选择页面 首先选择肿瘤类型,选到Cases,“Program”选择TCGA,“Project”选择自己研究的肿瘤类型,比如这里选择TCGA-STAD(也就是经常用到的胃癌) 接下来选择文件类型Files,“Data Category”选择转录本“transcriptome profiling”,“Data Type”选择Gene Expression Quantification,接下来到了选择“Workfolw Type”,现在只有一个选项,就是STAR – Counts。 之前的界面是有三个选择的 讲过测试,STAR – Counts里面的数据是改变了,所以方法也需要改变,提取symbol.txt的方法相继也需要改变的。 责任编辑:伏泽 作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载! |