知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > 生信答疑 >

TCGA数据库改版下载的数据变了只有STAR–Counts

时间:2022-04-03 05:52来源:生信自学网 作者:伏泽 点击:
TCGA数据库改版下载的数据变了只有STAR–Counts没有看到FPKM
TCGA数据库改版下载的数据变了只有STAR – Counts没有看到FPKM
2022年3月底,跟往常一样,输入TCGA gdc的网址:https://portal.gdc.cancer.gov/
选择菜单栏的Repository,进入数据选择页面
首先选择肿瘤类型,选到Cases,“Program”选择TCGA,“Project”选择自己研究的肿瘤类型,比如这里选择TCGA-STAD(也就是经常用到的胃癌)


接下来选择文件类型Files,“Data Category”选择转录本“transcriptome profiling”,“Data Type”选择Gene Expression Quantification,接下来到了选择“Workfolw Type”,现在只有一个选项,就是STAR – Counts。

之前的界面是有三个选择的

讲过测试,STAR – Counts里面的数据是改变了,所以方法也需要改变,提取symbol.txt的方法相继也需要改变的。



加生信自学网群
责任编辑:伏泽
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
BioWolf二维码生成器
------分隔线----------------------------
GEO芯片数据库挖掘生信视频教程
推荐内容
TCGA数据库挖掘文章套路生信视频教程
中药复方网络药理学文章套路生信视频教程