TCGA数据库改版SNP如何下载获取input.maf-生信自学网

TCGA数据库改版SNP如何下载获取input.maf
2022年TCGA数据库大改版，转录本数据和SNP数据下载完全不同了，转录本数据下载提取可以参考一下这个短文(点击查看)。这里给大家介绍一下改版后如何下载SNP数据，然后用pl脚本如何提取TMB和整理input.maf，之前学过生信自学网的课程应该清楚，用到SNP数据的话，一般用到了input.maf和TMB.txt或者还有geneMut.txt。
改版之前下载的界面是这样的，可以直接下载，下载之后改个名称就是input.maf，直接用于后续绘制瀑布图和提取TMB数据，

改版之后，一个样本一个maf文件，这下可发愁了，不用急，方法来了。
和往常一样，打开浏览器，输入我们熟悉的gdc官网页面：https://portal.gdc.cancer.gov/ 。

进入之后先确认下Cart为空，否则下载数据可能会出错，然后点击菜单“Repository”，进入之后左上角有两个菜单，先选择“Cases”，在“Cases”里面的“Program”选择TGCA，这个没有问题，“Project”选择自己研究的肿瘤类型，比如这里选择TCGA-STAD（也就是我们常用的胃癌）。

然后选择“Files”菜单栏，“Data Category”选择simple nucleotide variation，“Data Tyep”选择Masked Somatic Mutation，选好之后，

点击中间部位的菜单栏“Add All Files to Cart”，把数据放入购物车，然后进入类似购物车的“Cart”菜单，在Download菜单下载Cart，也就是数据压缩包，点击之后需要耐心等待，后台正在打包，打包好之后就会进入浏览器下载模式，接下来就等待下载，同时也可以把Manifest文件下载下来，如果后面用得到的话。

接下啦就是数据这里提取阶段，这里分三步：

1、把下载的gdc压缩包解压，把生信自学网写好的脚本moveMutFiles.pl复制到解压后的文件夹，和其他数据文件夹放一起，进入cmd终端，cd进入放数据的文件夹，然后输入命令perl moveMutFiles.pl，就可以把每个单独的maf文件整理到一个文件夹files里面

2、打开files文件夹，全选，右键，解压到当前文件夹

3、解压好之后，把生信自学网写好的脚本TMB.pl复制到和这些maf文件放一起，进入cmd终端，cd进入文件夹，在cmd界面输入命令perl TMB..pl。耐心等待，就可以等到结果文件input.maf，TMB.txt，geneMut.txt，然后照着生信自学网的官网课程，进行其他操作，祝大家学习顺利，工作顺利。