GO富集分析与KEGG的富集分析1、GO富集分析之前的文章中我们将基因的名字转化成了基因的id,接下来我们就可以用基因的id做富集分析,分析的结果我们可以得到两个图,一个是柱状图,纵坐标是基因的名称,横坐标是富集在GO的每个基因的数目,柱子的颜色代表富集的显著性,颜色越红代表显著性越大。还有一个是气泡图,和柱状图的表示形式相似。都可以很明显的观察出GO在每个基因上的富集状况。 下面是具体操作: 我们要先准备好我们的输入文件,分别是基因的id文件和做富集分析的脚本文件。 在配置好我们的脚本文件后在R中运行我们的脚本文件,这时候我们就可以得到我们的GO表格文件,后续可以将文件转换成图形方便查看。 2、KEGG富集分析 做KEGG的富集分析和GO富集分析相似,也是要用到id的txt文件,还有脚本文件,步骤也和上述一下,将脚本用R运行,我们可以得到结果的柱状图和气泡图,还有KEGG富集文件,这里我就不再赘述了,感兴趣的学员可以通过下面的联系方式联系我们购买相关的视频。 购买课程《肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路视频(TMB预后模型)》 精品课程推荐: 《泛癌多基因-基因家族文章套路》 《泛癌单基因文章套路》 《中药复方网络药理学》 《WGCNA四分文章套路》 《RNA结合蛋白RBP文章套路》 责任编辑:伏泽 作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载! |