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TMB与免疫细胞浸润联合分析GO富集分析与KEGG的富

时间:2020-07-11 07:19来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
GO富集分析与KEGG的富集分析

GO富集分析与KEGG的富集分析

1、GO富集分析
之前的文章中我们将基因的名字转化成了基因的id,接下来我们就可以用基因的id做富集分析,分析的结果我们可以得到两个图,一个是柱状图,纵坐标是基因的名称,横坐标是富集在GO的每个基因的数目,柱子的颜色代表富集的显著性,颜色越红代表显著性越大。还有一个是气泡图,和柱状图的表示形式相似。都可以很明显的观察出GO在每个基因上的富集状况。


下面是具体操作:
我们要先准备好我们的输入文件,分别是基因的id文件和做富集分析的脚本文件。

在配置好我们的脚本文件后在R中运行我们的脚本文件,这时候我们就可以得到我们的GO表格文件,后续可以将文件转换成图形方便查看。


2、KEGG富集分析
做KEGG的富集分析和GO富集分析相似,也是要用到id的txt文件,还有脚本文件,步骤也和上述一下,将脚本用R运行,我们可以得到结果的柱状图和气泡图,还有KEGG富集文件,这里我就不再赘述了,感兴趣的学员可以通过下面的联系方式联系我们购买相关的视频。
 


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