肿瘤微环境联合免疫细胞浸润转录组数据的下载和整理在做免疫细胞浸润之前，我们要下载转录组的数据，我们推荐是使用官网进行下载。我们首先打开浏览器，然后在搜索框里面搜索TCGA gdc，然后进入下载数据的界面就可以了。我们进入了这个界面，我们要做的第一步就是看我们这个Cart是否为零，如果Cart不为零的话，我们需要把它里面的数据删掉。然后点击Repository进入数据下载界面，接着我们选择我们的疾病类型，比如说我们现在要做胃癌的，我们就选择胃组织，然后选择项目、类型、性别等，这个可以根据自己的需求进行选择下载。     选择好要研究的类型后，接下来我们要选择文件的类型，我们要下载转录组的数据，所以我们选上转录组数据，选择基因的表达量等，然后就可以把选择好后的数据加入到Cart里面下载。我们需要下载几个数据，分别是manifest文件、Cart文件和metadata文件。这样我们的转录组数据就下载好了。    我们下载好了数据后，我们的每个样品都是一个文件，我们需要把它整理成如下的矩阵，这个矩阵的话行名是ID，列名是样品名。同时我们在整理的时候也会把正常样品放前面，把肿瘤样品放后面，方便我们后续的分析。  下面我们就对我们下载的数据进行整理，我们需要准备的文件有我们下载好的打包文件和metadata文件，还有我们整理要用的脚本pl文件，我们先将安装包文件解压，然后我们将moveFiles.pl脚本拷贝到解压后的文件夹中，用perl运行该脚本文件，这样我们就可以将每个目录下的文件全部放入同一个目录下。  之后我们解压文件里所有的压缩包，等到解压后的文件，接着利用merge.pl脚本将所有的文件进行合并，得到合并后的文件  精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》  
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