肿瘤微环境联合免疫细胞浸润id的转换和临床数据-生信自学网

肿瘤微环境联合免疫细胞浸润id的转换和临床数据的下载

Id转换
通过我们前面数据的整理，我们得到一个行名为id列名为样品名的矩阵，接下来我们需要对这个矩阵进行转换，得到一个行名为基因的名称，列名为样品名的一个矩阵。因为我们在发表文章的时候，我们用这个id去发表文章的还是不多，我们大多数文章还是用这个基因的名字来去做后续的分析，然后发表相应的文章。

下面我们看一下，怎么进行id的转换。id转换的话，我们要准备的输入文件是我们之前得到的mRNA的矩阵文件，还有一个人的配置文件以及我们的脚本文件，我们将这些文件准备好后，就可以进行id的转换。

用pl运行我们的脚本，我们就会得到id转换后新的一个矩阵，可以用做后续的分析。

临床数据下载
前面我们讲解了转录组的数据下载和整理，接下来我们要对临床数据进行下载，同样的，我们要进入TCGA gdc官网，清空Cart，点击Repository进入数据下载界面。选择好疾病类型、项目等，接着在文件类型里面选择临床数据，选择xml格式，最后添加到Cart中进行下载，这里我们只需要下载Cart一个文件即可。下载好后，我们的临床数据文件就准备好了。