肿瘤微环境联合免疫细胞浸润临床信息的提取与肿瘤微环境临床信息提取我们前面下载好了临床数据，下载好了临床数据以后，我们是每个样品一个文件，而且它的文件格式还是xml文件。这样的文件可读性很差，我们就需要对这样的数据进行了整理，整理成如下一个矩阵，这个矩阵它的行名是样品的名称，列名是各种临床数据，下面我们看一下这些临床数据。这里第一列就是样品的名称，然后接下来就是生存时间，它的单位是天，所以我们要把它转化为年，然后接下来就是生存状态，0就代表这个病人还活着，然后1就代表这个病人已经死亡，这就是生存状态，再接下来就是这个病人的年龄，性别，分级，分期。这就是我们提取的临床信息，当然每个肿瘤的临床信息都不同，所以这里的话我们只能把这些常见的临床信息提取出来，这些临床信息也是文章里面用的最多的一些临床信息。  接下来我们来提取这下临床信息，我们要准备是输入文件是我们下载好的临床数据压缩包，我们先解压我们下载好的数据，解压后里面的文件内容都很大，所以我们需要用我们事先准备好的脚本文件从里面提取出我们需要的信息。   我们先要将脚本文件拷贝到解压后的文件夹中，然后用perl运行我们的脚本文件，等待运行完成，我们就得到了整理之后的临床信息文件，就可以做后续的分析了。   肿瘤微环境 整理好了临床数据后，接下来我们讲解一下肿瘤微环境，我们首先看一下肿瘤微环境的定义，其实简单来说就是肿瘤所处的环境，那所处的环境的话，就是除了癌细胞以外他主要有两种细胞，一个是基质细胞，另外一个就是免疫细胞，所以我们做肿瘤微环境的话主要是为了看下在我们肿瘤所处的微环境里面，他的免疫细胞和基质细胞的含量，我们就可以通过这个R包，然后得到基质细胞和免疫细胞的打分。肿瘤微环境的话我们可以得到这样一个表格，在这个表格里面，它的第一列就是样品的名称，第二列就是基质细胞的打分，第三列的话就是免疫细胞的打分，最后一列就是两者的综合的打分。我们先看一下这个基质细胞的打分，打分越高，就说明在这个样品里面基质细胞的含量越高。免疫细胞也是一样的，如果免疫细胞的打分越高，就说明在这个样品里面免疫细胞的含量愈高。最后一个就是综合的打分，就是免疫细胞和基质细胞的一个综合打分，那这个综合打分越高的话，就说明在这个肿瘤微环境里面，基质细胞和免疫细胞的含量之和越高。  下面我们准备输入文件，输入文件的话就是转录组的矩阵，这我们之前已经得到了，然后就是我们的脚本文件，脚本文件由我们生信自学网提供，感兴趣的学员可以通过下方的联系方式购买相关视频进行学习。  我们用R运行我们的脚本文件，等待运行完成，我们就可以得到我们肿瘤微环境打分的文件。  精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》  
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