肿瘤微环境联合免疫细胞浸润差异Venn图与id转化绘制差异Venn图在上一篇文章中，我们已经对基质细胞的分组和免疫细胞的分组分别做了差异分析，我们得到了两个差异的结果，接下来我们就把这两个差异的结果取交集， 得到交集的差异基因，我们就可以用这些基因做后续GO和KEGG的富集分析，以及蛋白互作网络的构建。 下面我们看一下我们怎么对它进行取交集。我们用基质细胞上调和免疫细胞上调的基因取交集，然后两者下调的基因取交集。  所以我们要准备的输入文件是我们前一篇文章中得到的基质细胞和免疫细胞的差异分析的结果文件Immune.Diff.txt和Stromal.Diff.txt，我们要用到其中的两列信息，基因的名称和logFC，根据logFC我们可以判断这个基因是上调的基因还是下调的基因。还有我们事先准备好的脚本文件。   运行脚本： 打开R,将脚本文件拷贝到R中运行，等待运行完成，我们就可以得到上调和下调的Venn图，还有交集的基因文件，里面包含交集的基因名和logFC值。    symbol转换为id 取交集得到共同的差异基因之后，文件里面值有着基因名，因为我们是用R语言做富集分析，用R语言的话，就需要我们的输入文件里面有基因的id，所以我们需要将我们得到的基因的列表转换为基因的id。转化之后，我们会得到这样一个表格。在这个表格里面就包含着基因的id。  具体操作： 需要的文件：取交集的差异基因文件intersectGenes.txt，做Id转化的脚本文件 将脚本文件拷贝到R中运行，完成后，就可以得到id转化后的文件，然后就可以利用这个文件做后续的GO和KEGG的富集分析。  课程链接： 《TCGA数据库肿瘤微环境视频》 精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》  
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