GO与KEGG富集分析

下面我们给大家讲解关于GO与KEGG的富集分析，这在肿瘤微环境联合免疫细胞浸润分析中占着很重要的一步。
GO富集分析
在进行GO富集分析之前，我们先要知道GO富集分析的目的。GO富集分析就是观察我们的基因在哪些功能上具有富集，这个我们就可以通过GO富集分析实现。在富集之后，我们可以得到一个气泡图和一个圈图以及一个柱状图。
我们先看一下气泡图，它的纵坐标是GO的名称。横坐标的话就是基因的比例，然后圆圈的大小就代表富集在每个GO基因的数目，圆圈越大就说明富集在这个GO上基因的数目越多。圆圈的颜色代表富集的显著性，圆圈越红就说明我们的差异基因在这个GO上富集越显著。从图中我们可以看出，我们这里的差异基因大多数都是富集在免疫相关的功能上。

之后我们再看一下这个圈图，这个圈图的话，这里面的这些圆圈，它代表的是功能，然后其他的圆圈代表的是基因，而这里不同的颜色的线条就代表不同的GO如果这个GO和基因之间有连线就说明这个基因他在这个GO上是具有富集的。这里的颜色代表的是基因的logFC。红色就说明这个基因在高得分组里面是上调的，然后蓝色的话就代表这个基因在高得分组里面是下调的。

下面我们来绘制这两个图形，我们要准备的输入文件是基因的id文件，这在我们之前的文章中已经得到，里面有基因的名称，logFC值和基因的id。然后就是我们做GO富集分析的脚本文件，脚本文件是由我们生信自学网提供编写的，感兴趣的学员可以通过下方的链接购买我们的课程。

将我们的脚本文件拷贝到R中运行，我们可以得到一个GO的结果文件

还有上面提到的三个图形

KEGG富集分析
讲了GO富集分析，下面我们进行KEGG富集分析，KEGG富集分析的目的是就是观察我们的差异基因在哪些通路上具有富集，这就是KEGG富集分析的目的。
富集之后，我们同样可以得到这样的气泡图、柱状图和圈图，我们先看一下气泡图，它的纵坐标是通路的名称。横坐标是基因的比例，然后圆圈的大小就代表富集在每个GO上的基因的数目。然后这个圆圈的颜色就代表富集的显著性。