7种可变剪接类型(TCGA可变剪切)-生信自学网

7种可变剪接类型
在生物体内，主要存在7种可变剪接类型：
1) ES：Exon skip;
2) RI：Retained intron；
3) AD：Alternate Donor site；
4) AA：Alternate acceptor site；
5) AP：Alternate promoter；
6) AT：Alternate terminator；
7) ME：Mutually exclusive exons。

下图是我们利用高通量测序数据鉴别出来的7种可变剪接。
1) ES（Exon skip）指一个外显子从初始转录物上被剪切掉。如图A所示，基因发生可变剪接形成两种不同的转录本，第1种转录本比第2种转录组本多一个外显子，我们将这种外显子称为inclusive exon，inclusive exon两侧的两个外显子称为constitutive exon。
2) RI（Retained intron）：基因发生可变剪接形成两种不同的转录本，第2种转录本由retained Intron与两侧的外显子一起形成新的外显子。
3) AD（Alternate Donor site）：基因发生可变剪接形成两种不同的转录本，它们的3'端剪接位点一致但5'端剪接位点不同，第二种转录本的5'端外显子有所延长。

4) AA（Alternate acceptor site）：基因发生可变剪接形成两种不同的转录本，它们的5'端剪接位点一致但3'端剪接位点不同，第二种转录本的3'端外显子有所延长。
5) AP（Alternate promoter）：基因的两个转录本的区别在于第一个外显子不同，这样的可变剪接事件称为Alternative First Exon。
6) AT（Alternate terminator）：基因的两个转录本的不同之处于最后一个外显子不同，这样的可变剪接事件称为Alternative last exon。
7) ME（Mutually exclusive exons）：基因发生可变剪接形成两种不同的转录本，两转录本之间相同的外显子称为constitutive exon，不同的外显子称为inclusive exon，两个inclusive exon不能同时存在与同一转录本中，只能分别存在于不同转录本中。这样的可变剪接事件称为Mutually Exclusive Exon。

2. TopHat原理
A) ES（Exon skip）
转录本1和转录本2存在图中所示的junction sites，那么exon skipping 这种剪切形式就发生在这两个转录本上。

B) RI（Retained intron）

1)检测到了junction1，意味着在 Exon1和Exon2之间存在着内含子；
2)内含子的覆盖度达到90% ;
3)测序深度，两侧深度较小外显子的15%；
4)内含子上下5bp的边界都能被覆盖到；
5)序列和其它基因不重复，则可鉴定出此处存在intron retention 类型的可变剪接事件。
C) AD（Alternate Donor site）

检测到Junction2或Junction3, 它们和Junction 1 在3'端是一样的，区别在于5'端的剪切位点不一样, 那么Exon1和Exon2间存在alternative 5' splice site 类型的可变剪接事件。
D) AA（Alternate acceptor site）