CEO免疫基因对和生存时间进行合并在上一篇文章中我们将TCGA数据库免疫基因对和生存时间合并了,接下来我们要将CEO数据库免疫基因和生存时间进行合并。同TCGA相似,CEO免疫基因对与生存时间合并后也可以得到这样一个表格 它的第一列是样品名,第二列是生存时间,第三列是生存状态,然后是所有免疫基因对的状态。 (在这里要注意,我们下载的生存时间的单位要统一成“年”,如果没有统一,在运行脚本的时候可能会出现问题) 下面具体操作: 要准备的输入文件有GEO免疫基因对的矩阵,以及GEO的临床数据文件,然后就是脚本文件。 我们先要对GEO的临床数据文件进行整理,删除其中我们不需要的信息,只留下样品名,生存时间和生存状态三列信息(如下图),然后将这三列信息拷贝到一个txt文件中。 准备好了这些后,通过运行脚本文件,我们就可以得到合并后的文件。 视频购买链接: 《免疫基因对文章套路视频》 精品课程推荐: 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 《甲基化肿瘤分型文章套路视频》 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 责任编辑:伏泽 作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载! |