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cytoscape—cytohubba查找hub节点

时间:2020-08-22 12:47来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因,如何从众多基因集中找出它的真身呢?今天我们给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。

cytoscape—cytohubba查找hub节点

        Hub基因通常都是具有代表性的一些基因,如何从众多基因集中找出它的真身呢?今天我们给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。

       Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件,那么如何操作来让我们一见分晓:

       首先,准备好我们的网络文件,导入Cytoscape中;

       接下来,打开cytohubba的界面,点击calculate;


        计算方法的选择,上方hubba nodes为通过特定方法选择top数量的hub节点;下方particular nodes为选则特定的节点分析;

       当选择top的hub节点后,可设定top数量及方法(红框内);

        几个方法的定义如下(这个大家根据情况选择合适方法):
Local-based method包括四种

 

Global-based method主要有7个方法

        选好后按下方submit提交即可,右侧结果界面会出现hub节点的label及排序,导出保存表格还包括score;


        网络界面会展示这些hub节点在网络中的连接情况,节点颜色越深代表分值越高。同样可以输出保存为pdf;

 
 
 
 

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