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批量挖掘lncRNA数据下载

时间:2020-09-04 16:49来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
通过TCGA官网下载我们需要的数据

批量挖掘lncRNA数据下载

这个课程是关于TCGA数据库长非编码RNA批量挖掘的视频课程,我们会编写几篇文章为大家详细讲解该套课程的主要内容,如果大家对该套课程有需要,或是感兴趣的话,可以通过下方的课程链接购买相关的视频课程学习,里面有全部的视频内容和我们提供的脚本文件。
下面我们先大家讲解如何下载我们的数据,要下载数据,我们需要到我们的TCGA官网上下载,不推荐其他网站,因为数据很有可能不是最新的。我们打开TCGA的官网https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga

打开官网后,我们点击access TCGA Data进入数据界面

然后点击按钮Repository进入数据下载的界面,在下载数据前,我们要先将cart里的所有数据清空,清空后回到下载界面,通过左边的列表找到我们要研究的疾病类型,比如我们要研究胰腺癌,我们就将胰腺癌前面的方框勾上。


然后选择TCGA数据库,后面的性别等类型大家可以根据实际情况选择筛选条件,想我们这就默认全选。

选择好类型后,我们要选择文件类型,我们做长非编码RNA的话,是要下载转录组文件,所以我们要下载转录组测序的数据,之后再选择基因的表达和count数目。

选择好这些之后,我们就可以将筛选好的数据加入到cart中,这样就剩最后一步下载了。

进入cart购物车,里面就有我们添加进去的数据,我们要下载三个文件,分别是Mannifest文件,Cart文件和MetaData文件,其中Cart文件可能会因为文件太大下载不下来,所以我们可以通过命令行下载。

文件下载好后,我们将下载好的文件整理到一个文件夹中,这样我们需要的数据就下载好了。

课程链接:
TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频

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