TCGA数据库肿瘤微环境挖掘肿瘤免疫评分基质评分-生信自学网

TCGA数据库肿瘤微环境挖掘

主要内容
1、简介
首先会给大家介绍肿瘤的微环境，肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境，其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成，众多面会议细胞，如T细胞、髓源抑制细胞、巨噬细胞等，都被催化至此，构成肿瘤的微环境。生信自学网新课预告
在肿瘤微环境中，免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估具有价值的。

预测软件
我们是使用ESTIMATE预测软件，这个软件可以预测我们肿瘤的一个纯度，重要是通过预测免疫打分和基质打分预测肿瘤的纯度，从而预测基质细胞和免疫细胞的含量，预测到基质和免疫细胞的含量之后，基质细胞和免疫细胞含量多了，那么肿瘤纯度就低。
预测用到的数据就是基因表达的数据，之前我们生信自学网录制的《TCGA肿瘤免疫细胞浸润》课程用到的也是基因表达的矩阵。这里的算法是单样品的GESA算法。
通过ESTIMAT软件预测，可以得到三列信息：
stromal scor 基质细胞打分
immune score 免疫细胞打分
estimate score 综合打分，就是基质细胞打分和免疫细胞打分的综合

2、表达数据下载
数据下载尽量从TCGA官网下载，因为TCGA的数据在不断的更新，这样在写文章的时候也可以直接写上下载数据的时间节点。TCGA数据在肿瘤研究中占用非常重要的地位，所以很多机构做了一些方便下载的界面或工具，但大部分数据都没有更新，很多还是2015年的数据，所以提醒大家一定要从TCGA官网下载数据。按照我们生信自学网的方法，从TCGA下载数据，合并数据是非常简单的，因为脚本已经帮大家写好了，只需要做简单的电脑操作就可以把数据提取出来。

3、数据整理
从TCGA数据库下载的数据，每个样本是一个文件，我们需要利用生信自学网原创的脚本提取合并矩阵文件，整理成矩阵之后就方便我们后续的分析
4、肿瘤微环境分析（免疫和基质评分）
接下来我们会用矩阵做肿瘤微环境分析，这一步可以得到两个重要结果，免疫评分和基质评分，也就是肿瘤组织里面免疫细胞的评分和基质细胞的评分

5、临床数据下载和整理
购买课程提供资料代码，答疑请联系微信：18520221056
6、评分和生存关系
评分和生存之间的关系，得到免疫细胞多与生存是什么关系，免疫细胞降低了，跟生存又有什么关系，我们就可以做免疫评分和生存的关系，也可以做基质评分和生存的关系。

7、评分和临床性状关系
接下来做评分玉临床性状的关系，比如我们希望找到基质评分与分期之间的关系，基质评分是否根癌症转移有关，就需要做评分和临床性状的关系

8、差异分析
这里的差异分析和之前我们做的差异分析不同，之前在TCGA基础课程中，我们做的是癌旁和癌症之间的差异分析，这里我们依据免疫评分或者基质评分，我们把肿瘤样本分两组，然后做癌症内部分析。根据免疫评分、基质评分分别分组后做差异，得到两组结果，再把这两组结果做交集，这样得到结果的可靠性更强。