|
•网址： www.cbioportal.org/
•cBioPortal 网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据，包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目，涵盖了两万八千例标本的数据，此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就能直接使用，而且提供一些小工具方便用户生成文章级别的图表，非常贴近用户的需求。
研究背景 •随着芯片和高通量测序技术的广泛应用，在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据，特别是像The Cancer Genome Atlas（TCGA）、International Cancer Genome Consortium（ICGC）等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成，积累了大量的基因组学数据，这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山，同时也产生了各种各样的数据库以满足不同的研究需求。
•对数据库的灵活运用已经成为科研工作者所必须掌握的基本技能，对于这些数据库，数量非常多，很多人都在问有没有一个数据库能一次得到多个结果，学习肿瘤基因组学数据库的利器：cBioPortal 网站。
分析案例
•癌症类型：LUAD
•基因：BRCA1 SOX9 TNK2 CDH1 BCL2
•分析数据：
Ø变异情况
Ø变异对下游基因的影响
Ø变异对生存和预后的影响
责任编辑：伏泽 作者申明：本文版权属于生信自学网（微信号：18520221056）未经授权，一律禁止转载！ |
