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寻找转录因子与基因启动子的结合点

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发表于 2017-9-14 05:59:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
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以转录因子Nf-KB和Ankh基因为例,用UCSC在线网站锁定启动子范围, 在左栏选择Table browes。

在clade选择Mammal,genome选择Human,assmebly选择最新的数据库,gene中输入ANKH,在track中选择RefSeq Genes,在output format中选择sequence,点击get output,根据需要选择序列,选择genomic-submit。

选择Promoter/Upstream by 2000 bases,选Exons in upper case, everything else in lower case(外显子大写,其他小写)。

结果如下:大写字母是基因外显子区,大写字母前面的2000个小写字母就是预测的启动子区,复制粘贴保存到文本中。

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 楼主| 发表于 2017-9-14 06:00:36 | 显示全部楼层
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打开PROMO数据库,业界良心!首页就来送助攻:查找转录因子结合位点操作步骤。

如助攻提到的,先点击黄色左栏SelectSpecies,选择物种, 点击Submit。

再点击黄色左栏SelectFactors,选择转录因子, 点击Submit。

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 楼主| 发表于 2017-9-14 06:01:30 | 显示全部楼层
生信自学课堂
接着点击SearchSites,将之前锁定的启动子区序列粘贴到指定位置,点击Submit。

目标出现!

结果中的一个位点TGGGAAATACCT就是预测到的nf-kb结合在Ankh启动子的最佳位点。




同一个基因的启动子都是可长可短的,只是不同长度可能启动子的活性不一样。真核生物一般都是认为在第一外显子上游的2kb以内(也有2kb以外的)。转录因子不同的预测方法(除了PROMO,还可用Jaspar   、TFSEARCH、TRANSFAC等数据库)结果都不一样,最终只有实验验证的才准确。

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