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      TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享--生信自学网光俊在上个小节里面,生信自学网给大家分享了TCGA数据库ATAC数据可以得到的图表,这小节课,生信自学网带领大家下载数据和画图。从ATAC-seq数据出发,我们可以绘制各种漂亮的图形,比如染色体覆盖度图、基因组特征图、Upset
      光俊
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    • TCGA整理GDC下载的xml格式的临床资料

      [TCGA]TCGA整理GDC下载的xml格式的临床资料

      GDC给出了一系列的用户友好的选择框,你只需要根据条条框框来选择就可以下载到自己想要的数据,而不需要去几百个文件夹里面漫无目的的查找了。 https://portal.gdc.cancer.gov/根据自定义搜索过滤条件拿到了 mainfest 文件就可以使用下面代码下载:gdc工具下载链接:htt
      生信爱好者
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    • TCGA数据库TMB简介

      [TCGA]TCGA数据库TMB简介

      明白什么是TMB TMB (Tumor mutation burden)的定义:癌症样本全基因组中去除胚系DNA变异后体细胞突变数目。比如Lawrence,MS团队在Nature上发表的研究中,将超过100个突变/Mb称之为高TMB。 Tumor mutation burden 涉及到两个重要概念germline mutation(种系突变或胚系
      生信爱好者
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    • 3到11分文章解读(肿瘤免疫浸润挖掘方向)

      [生信工具]3到11分文章解读(肿瘤免疫浸润挖掘方向)

      3到11分文章解读(肿瘤免疫浸润挖掘方向) --生信自学网光俊免疫浸润是一个非常经典的思路,通过简单的基因矩阵数据,我们将复杂实验才能提取的免疫细胞含量直接计算出来,对科研工作非常有帮助。今天我们来讲讲,通过肿瘤免
      光俊
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    • circRNA发文最新思路

      [论文分析]circRNA发文最新思路

      LncRNA可参与转录水平、转录后水平、翻译后水平的分子机制调控,而ceRNA机制很好地将lncRNA和前期工作中的miRNA基础工作联系在一起,周期和投入都最划算。 9月份新鲜出炉的2篇circRNA的ceRNA机制”文章,让你boss怦然心动一下。1)Cancer Letters(IF=6.3)题目:CircRNA
      生信菜鸟
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    • NCBI数据库中搜索基因序列的方法

      [GEO]NCBI数据库中搜索基因序列的方法

      套路一进入NCBI网站,在Nucleotide(核苷酸)数据库中搜索,以人CCL2为例。套路二进入NCBI网站,在CCDS(共识编码序列)数据库中搜索,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi套路三(推荐) 进入NCBI网站,在Gene(基因)数据库中搜索。找到Tools
      哆啦咦
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    • linux大全

      [perl语言]linux大全

      在上大全之前给大家一本书 这么高大上的书,居然免费 链接:http://pan.baidu.com/s/1miFqKGS 密码:694y
      huacheng36
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    • 五分钟使用TCGA数据发表文章中的图表

      [TCGA]五分钟使用TCGA数据发表文章中的图表

      TCGA是目前最大的癌症基因信息数据库,通过TCGA不仅可以验证你的实验结果,还可以寻找新的研究方向,围绕TCGA已经有很多重量级文章出现,对它的使用愈发重要。目前使用的方法有两种,一是利用一些在线工具进行检索和查询,例如cBioPortal(http://www.cbioportal.org/pu
      Angela
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    • 免费下载SCI文献的神器

      [生信工具]免费下载SCI文献的神器

      给大家一款文献检阅神器GeenMedical,网址: http://www.geenmedical.com。网站整合了Pubmed、SCI-HUB、百度学术以及ResearchGate的资源,不仅可以检索文献,还可以直接下载大部分文献。
      战狼
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    • Windows系统下安装linux系统

      [生信工具]Windows系统下安装linux系统

      在生物信息的过程中linux系统不可或缺,但大多数非生信专业人士只熟练操作Windows xxx系统,两个系统切换浪费时间也会造成诸多不便。 为大家详细说明一下使用虚拟机安装linux让你轻松get双系统或者更多系统~ 首先,我们要下载安装虚拟机Vmware workstation,百度之后直接
      生信菜鸟
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    • 学习Perl怎么能少得了这本书

      [perl语言]学习Perl怎么能少得了这本书

      当然不能少下载地址:
      huacheng36
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    • 快速入门Perl

      [perl语言]快速入门Perl

      Perl是典型的脚本语言,短小精悍,非常容易上手,尤其适合处理文本,数据,以及系统管理。它在老一辈的生物信息学分析人员中非常流行,出于历史遗留原因大家肯定会或多或少地接触 Perl。 一、入门资料两个半小时入门指导:https://qntm.org/files/perl/perl.html 21天学
      苹果apple
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    • 柱形图

      [R语言]柱形图

      柱形图,所有图表语法都基于ggplot2包中的ggplot函数完成 。 其实R语言本身就带有各种作图函数,比如plot、bar、pie等,而且语法非常简单明了,为什么还要用ggplot2这种语法独立性很强、自成体系的作图包来作图呢? 一个例子就能感受到: plot(mpg$cty,mpg$hwy)#R语言内
      liyun168
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    • microRNA发文照样可以6分

      [论文分析]microRNA发文照样可以6分

      话说要是十年前,你研究miRNA,那可是热的不能再热的领域了,然而今天我依然在研究miRNA,有人就开始怼我了:还在研究miRNA呢,你做一大堆工作还不是只能发一两分,有意思吗? 之前我确实也有过这样的担忧,研究miRNA还有意思吗?正如之前做的在体外构建一个肺癌缺氧的
      苹果apple
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    • 一个分析基因相关性软件

      [生信分析]一个分析基因相关性软件

      我们在研究一个新的基因的时候,如果不清楚其主要的主要涉及的通路的话,一般都会选择共表达分析来观察和这个基因相关的其他基因有哪些。 基因共表达网络分析(Gene Co-expression Network Analysis)是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图。通俗点儿来说的话,就
      弗雷西斯
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    • 配色神器

      [R语言]配色神器

      作为科研狗,我们必须要明白,做实验只是我们漫漫文章路的其中一部分,在我们实验做好的之后,我们还要把实验结果很好的呈现出来,而呈现数据结果的一个很好的方式就是利用柱状图等图形呈现出来,而这个里面,图形的配色就显得格外的重要。 在不注意的时候,我们经常会
      苹果apple
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    • 韦恩图Venny

      [R语言]韦恩图Venny

      limma包画韦恩图
      苹果apple
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    • 六步系统入门R语言

      [R语言]六步系统入门R语言

      第一步:掌握必须要会的基础 下载R语言的软件:https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 下载Rstudio这个R编辑器:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/(在Rstudio里面写代码会比较方便) 学习help函数(你必须要把help函数用一百次以上,不然你
      苹果apple
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    • 根据ceRNA机制,花式筛选疾病相关的LncRNA

      [论文分析]根据ceRNA机制,花式筛选疾病相关的LncRNA

      文章题目是“Construction and analysis of cardiac hypertrophy-associated lncRNA-mRNA network based on competitive endogenous RNA reveal functional lncRNAs in cardiac hypertrophy”。 从题目可以看出这么几个关键词:1、心肌肥大;2、lncRNA-mRNA网络;3、ceR
      生信菜鸟
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    • 基因分析看这个帖子胜读3本书

      [生信工具]基因分析看这个帖子胜读3本书

      如果我们要了解一个基因的基本信息要去看什么呢?如果要看基因的序列,我们可以去NCBI,UCSC和ENsembl,如果要看这个基因的蛋白功能,那可以去uniprot,那么有没有一个网站把这些其他好的网站的信息汇总到一起的呢?这个答案吧,还真的有,那就是我们要介绍的网站:GeneC
      城中渔夫
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    • PCR十大常用网站

      [生信工具]PCR十大常用网站

      PCR作为老生常谈的一种实验技术,对实验新手而言却仍是一个不小的挑战,比如引物的设计、预测脱靶效率、PCR中的疑难杂症等等,其中任何一个问题都会让他们头疼一阵了。而本文推荐的十个常用网站基本囊括了PCR全方位攻略,你想知道的都可以在这里找到答案。 1.Primer3网
      弗雷西斯
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    • 提取文献数据小工具

      [生信工具]提取文献数据小工具

      用Engauge Digitizer软件提取文献中的数据 Engauge这是一款开源软件,用于从文献曲线图或地图中提取数据。软件无需安装,解压文件后,双击图标即可使用,“usermanual”文件夹应该是帮助文件(英文版),还有一个“sample”文件夹提供很多例子。下面是简单的操作步骤(
      弗雷西斯
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    • Venn图3分钟

      [生信工具]Venn图3分钟

      [*]大家都知道,Venn图一般采用R语言来实验。但是对于R语言小白来说应该如何画Venn图呢 [*]今天楼主就给大家介绍2个在线工具 [*]第一个是比利时根特大学生物信息学研究员设计的软件 [*]地址是http://bioinformatics.psb.ugent.be/beg [*]这个网站有各种数据库和工具,
      xiaozhang
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    • Cytoscape神操作

      [生信工具]Cytoscape神操作

      你是否被Cytoscape主页上的这张网络图惊艳过? 你是否被这种粗糙的作图技术刺瞎过? 同样用的是Cytoscape,为何画风完全不同?是因为下载的Cycoscape是假的么?肯定不是。。。那是因为? 操作不熟练,仅此而已! 封面这张图是一张蛋白质互作网络图,所以楼主找了一组
      哆啦咦
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    • TCGA临床病理随访资料解读

      [TCGA]TCGA临床病理随访资料解读

      胃癌的临床资料,TCGA对每一种类型的数据命名都是统一的,不管使用哪种工具下载只要是工具没有对其重新命名那么都可以对照本文的例子来解读,比如gender表示性别这都是通用的。胃癌临床病理资料做例子介绍一下:首先矩阵的样子如下:从图中可以看出,TCGA的胃癌的临床病
      哆啦咦
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    • 绘制聚类热图

      [生信工具]绘制聚类热图

      聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式,在文章中出现的频率非常高,一般来说,这张图的每行对应一个基因,每列对应一个样本,行和列形成的是基因数*样本数的表格,接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。颜色的设置有很多种,一般常见的是上图中
      哆啦咦
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    • 生物信息在线资源查找

      [生信工具]生物信息在线资源查找

      生命科学的许多在线资源在同行评审的论文中被大量发表,包括数据库和在线应用及数据分析软件。 这些资源在整个互联网和已出版的文献中散布,因而收集这些已发表的在线资源至关重要。 OReFiL为一个在线资源检索系统。其能够抓取网址出现在BioMed Central开放获取期刊的摘
      哆啦咦
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    • NCBI寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

      [GEO]NCBI寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

      提及NCBI我们大家都不陌生,研究物种基因功能可都靠它呢。在NCBI的快速搜索下,基因转录本序列以及相关编码蛋白信息那也是手到擒来。然而当我们查找某个基因的相关信息时,就会发现该基因有很多个转录本。所以尽管基因查询很简单,但要精确定位到自己所需的转录本核酸序
      liyun168
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    • 直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据

      [GEO]直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据

      NCBI的GEO数据库是芯片数据的海洋,很多同学会在这里面找一些数据自己分析一下,为后续研究做些准备。这“很多同学”中的大多数需求都只是简单的想要找找不同样本/分组之间的差异,其实网站本身就提供了这样的功能,不需要把原始数据下载下来用某些专业的软件进行分析。
      Angela
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    • ggplot函数制作箱线图及其美化

      [R语言]ggplot函数制作箱线图及其美化

      R语言中利用ggplot函数制作箱线图及其美化。箱线图也是经常会用到的用于呈现数据分布形态的重要的图表类型。还是以ggplot2包内置的数据集为例进行案例演示:ggplot(mpg,aes(class,displ))+geom_boxplot()以上是最简单的形式,一个分类变量,一个连续性数值型;我们通过
      liyun168
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    • 多系列柱形图

      [R语言]多系列柱形图

      当数据序列比较多的时候,特别是超过四个以后,还用堆积柱形图(条形图)、或者簇状柱形图的话,图表必然会因为系列太多而受到挤压或者变形,整体就会不协调、不美观。还有ggplot不支持次坐标轴功能,它的作图思维基本源于塔夫脱的可视化理念,而且作者个人的审美也接受
      liyun168
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    • 柱形图美化(簇状、堆积、百分比)

      [R语言]柱形图美化(簇状、堆积、百分比)

      几种柱形图的衍生图表——簇状柱形图、堆积柱形图、百分比堆积柱形图的美化工作进行讲解。我们还是以昨天的数据作为演示数据,同时添加两年度数据。data
      liyun168
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    • R语言数据合并与追加

      [R语言]R语言数据合并与追加

      数据结构的塑造是数据可视化前重要的一环,虽说本公众号重心在于数据可视化,可是涉及到一些至关重要的数据整合技巧,还是有必要跟大家分享一下的。 在可视化前的数据处理技巧中,导入导出、长宽转换已经跟大家详细的介绍过了。 今天跟大大家分享数据集的合并与追加,并
      huacheng36
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    • R语言软件导入方法解读

      [R语言]R语言软件导入方法解读

      R语言支持的数据类型很多,但是初学者能接触到却寥寥无几,这里仅仅介绍.TXT、.CSV、直接复制三种方式。(不要问为啥没有xlsx,excel文件属于富文本数据文件格式,导入太麻烦,需要很多转换和专用包的支持,劳神费力) TXT文件导入: 文件路径在桌面,名为myfile.txt 文
      huacheng36
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    • 4个可以查询基因信息的网站

      [生信工具]4个可以查询基因信息的网站

      4个可以查询基因信息的网站,分别是1、NCBI的基因数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)2、EMBL-EBI的基因数据库Vega(http://vega.archive.ensembl.org/index.html/)3、HGNC(http://www.genenames.org/) 4、GeneCards(http://www.genecards.org/)5、Ensem
      xinyu1986
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    • 6分乳腺癌中经典的NF-κB信号通路

      [论文分析]6分乳腺癌中经典的NF-κB信号通路

      1、TBC1D3,可以引起乳腺癌细胞系中OLR1转录水平表达升高作者通过高通量测序筛选在MCF-7细胞中过表达Flag-TBC1D3与对照质粒后具有差异的基因, OLR1基因表达上调。作者进行了荧光定量实验与免疫印迹实验证实过表达TBC1D3,可以引起OLR1转录水平与蛋白水平表达升高。 2
      章鱼堡
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    • 肿瘤中外泌体研究发文套路

      [论文分析]肿瘤中外泌体研究发文套路

      肺癌是癌症相关死亡的主要病因。在全球人类中,非小细胞肺癌(NSCLC)约占全部肺癌的85%。目前,依赖吉西他滨的化疗是NSCLC的常规治疗方案。然而,吉西他滨耐药可引起肿瘤的转移和复发。 外泌体是多泡体限制性膜与细胞质膜融合而释放的脂质双层膜囊泡,直径约30~10
      战狼
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    • 解读PI3K-AKT-mTOR信号通路的研究套路

      [论文分析]解读PI3K-AKT-mTOR信号通路的研究套路

      背景 磷脂酰肌醇3-激酶(PI3Ks)信号通路。PI3K可分为3类,其中研究最广泛的为I类PI3K, PI3K激活的结果是在质膜上产生第二信使PIP3, PIP3与细胞内含有PH结构域的信号蛋白AKT和PDK1(phosphoinositide dependent kinase-1)结合, 促使PDK1磷酸化AKT蛋白的Ser308导致AKT活化
      战狼
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    • GEO芯片多分组样本的基因芯片分析步骤

      [GEO]GEO芯片多分组样本的基因芯片分析步骤

      把如例所示的多样本仅仅分为两组(EVI1-Empty),得到的DEGs仅有16个(|logFC|>2,p1,p1(甚至有100的)。 在经过进一步了解后,贴出如下正确方法:
      在水一方
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    客服热线
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