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肿瘤干细胞纯生信文章套路

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发表于 2019-9-19 21:19:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
肿瘤干细胞纯生信文章套路
--生信自学网光俊
       今天我们给大家介绍下生信自学网的” 肿瘤干细胞纯生信文章套路”课程,该课程根据最新发表的4分纯生信文章录制。
       肿瘤干细胞(Cancer StemCell, CSC),是指肿瘤中具有自我更新能力并能产生异质性肿瘤细胞的细胞。肿瘤干细胞对肿瘤的存活、增殖、转移及复发有着重要作用。
       干细胞指数(stemnessindices)是描述肿瘤细胞与干细胞相似性的指标。 mRNAsi是基于表达数据计算的指数, mDNAsi是基于甲基化数据计算的指数,EREG-mRNAsi指数是干细胞表观调控相关基因的表达量训练得到,指数范围在0到1之间,约接近于1说明细胞分化程度越低,干细胞特征越强。
       首先从TCGA数据库下载基因表达量,并找到正常样品和肿瘤样品中有差异的基因。基于WGCNA加权基因共表达网络分析,可以得到与mRNAsi干细胞指数相关的模块。这些模块是生物学意义的基因集合,模块整体与干细胞指数是具有相关性的。通过计算模块中基因与模块的相关性,以及模块中基因和mRNAsi的相关性,得到与干细胞相关的核心基因。接下来,我们对这些核心基因进行富集分析,找到相关的GO和通路。同时通过共表达分析和蛋白互作网络分析,我们可以得到核心基因之间的调控关系。

       课程购买链接1:https://item.taobao.com/item.htm ... s19&id=602971858767
       课程购买链接2:     https://ke.biowolf.cn/biovideo-230.html

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