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TCGA数据库肿瘤微环境挖掘

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发表于 2019-3-25 13:41:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
TCGA数据库肿瘤微环境挖掘
--生信自学网
       生信自学网新视频上线,按照5分多的文章套路讲解,需要的赶紧收下。
      肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境,其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成,众多免疫细胞,如T细胞、髓源抑制性细胞,巨噬细胞等,都被趋化至此,构成肿瘤的微环境。
       在肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的。
      ESTIMATE (Estimation of STromal andImmune cells in MAlignant Tumor tissues using Expression data) is a tool forpredicting tumor purity, and the presence of infiltrating stromal/immune cellsin tumor tissues using gene expression data. ESTIMATE algorithm is based onsingle sample Gene Set Enrichment Analysis and generates three scores:
1.     stromal score (that capturesthe presence of stroma in tumor tissue).
2.     immune score (that representsthe infiltration of immune cells in tumor tissue).
3.     estimate score (that inferstumor purity).

Ø  There was a positive correlation between stromal and immune scores.
Ø  samples with low tumour purity showed high stromal and immunescores.
Ø  ESTIMATE scores showed an increased correlation with tumour puritycompared with stromal-only and immune-only scores.  

课程购买链接1:
https://item.taobao.com/item.htm?spm=a230r.1.14.1.54ba32af5oW7LV&id=586808734105&ns=1&abbucket=5#detail
课程购买链接2: (生信自学网)
http://www.biowolf.cn/shop/biovideo-181.html





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