通过GSEA富集分析,我们可以知道高低风险组在哪些基因集里面具有富集,...
主成分分析的目的是就是对我们lncRNA的数据进行降维,使其能够进行可视化。...
临床相关性分析的目的是看一下构建模型的这些lncRNA是否跟我们的临床性状具有相关性。...
这一次我们向大家讲解如何绘制ROC曲线....
独立预后分析的目的事看我们的模型是否可以独立于其他的临床性状作为独立的预后因子....
风险热图和风险曲线,还有生存状态图,这些图形在cox模型中出现的频率很高,我们去看cox相关的文章几乎都会有这些图形。...
生存分析,就是比较高低风险组生存是否具有差异....
找出预后相关的lncRNA,利用这些预后相关的免疫lncRNA去构建模型。 ...
通过共表达的方法得到免疫相关的lncRNA并将lncRNA的表达数据和生存数据合并。...
我们就要将这个基因的矩阵进行整理,把它分为两个矩阵,一个编码蛋白的mRNA矩阵,另一个是长非编码RNA的矩阵。...
免疫相关lncRNA文章套路视频课程...
转录组数据下载与整理 免疫基因对id的转换 临床数据的下载与整理...
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有关WGCNA的科研文章数不胜数,我们从其中挑选出了几篇与大家一起分享,一起学习如何在科研中灵活使用WGCNA。...
本文使用window本地Rstudio实现WGCNA的全面分析。...
WGCNA在RNA-seq基因表达数据的分析中占有不可或缺的位置。在项目实战中不少使用该方法来分析基因表达谱,下面我们跟大家分享一些个人心得。...
今日跟大家分享一篇题为“生物信息学简史”文章。该文章系统解析了生物信息学的定义、发展及其应用前景。...
在进行共表达分析后,我们可以绘制这样一个相关性圈图。...
我们将前面的单张的GSEA富集图放在一起,形成一个多GSEA富集图。通过共表达分析,找出与我们的目标基因具有相互作用的基因。...
我们挑选好了单基因之后,我们要知道这个基因它是通过什么样的功能,或者什么样的通路来影响肿瘤的发生,这就是GSEA富集分析...
准备好临床相关性分析需要的输入文件,进行临床相关性分析。...
通过ROC曲线,我们可以得到这个基因预测病人生存的准确性。我们挑选好了一个基因,我们想知道这个基因去预测病人的生存的准确性如何,我们就可以通过这个ROC曲线进行实现,绘制...
单因素独立预后分析,就是将我们的基因和临床性状一个一个的输入,跟我们的生存时间和生存状态进行比较,看我们的基因或者临床性状跟我们的生存是否相关。多因素独立预后分析...
挑选基因,然后为生存分析和后续的独立业务分析准备输入文件,绘制生存曲线...
METABRIC数据库挖掘ROC曲线过滤和临床相关性过滤...
METABRIC数据库挖掘生存分析过滤和独立预后分析过滤...
在整理基因表达数据的时候我们发现有的基因在基因表达里面有缺失值,所以我们要对这部分基因进行补缺的操作。在整理好我们的数据之后,我们就要将我们基因的表达量和我们的生...
METABRIC(乳腺癌国际联盟的分子分类学)是一项加拿大与英国合作项目,旨在根据有助于确定最佳治疗过程的分子特征将乳腺肿瘤分类为更多的亚类。...
METABRIC数据库挖掘软件的准备以及数据的下载...
1、准备daunorubicin分子和CHEK1蛋白 2、蛋白与分子的处理 3、寻找活性口袋 ...
通过GSEA富集分析,我们可以知道高低风险组在哪些基因集里面具...
主成分分析的目的是就是对我们lncRNA的数据进行降维,使其能够...
临床相关性分析的目的是看一下构建模型的这些lncRNA是否跟我们...
这一次我们向大家讲解如何绘制ROC曲线....
独立预后分析的目的事看我们的模型是否可以独立于其他的临床...
风险热图和风险曲线,还有生存状态图,这些图形在cox模型中出...