GSEA富集分析

1、GSEA输入文件的准备
我们挑选好了单基因之后，我们要知道这个基因它是通过什么样的功能，或者什么样的通路来影响肿瘤的发生，这就是GSEA富集分析的目的，在进行富集分析之前，我们先要准备GSEA的输入文件。
我们需要准备两个文件，第一个文件就是表达数据及文件，就是我们所有基因在所有样品里面的一个表达量，我们需要以一定的格式进行展示，比如说它的第一行就是#1.2，第二行就显示这个基因的数目和样品的数，第三行就是样品的名称，从第四行开始，就是我们基因在所有样品里面的一个表达量。然后我们还需要一个文件就是表型的数据文件，它的第一行就是告诉我们总共有多少样品，然后这些样品分为几个组。第二行告诉我们它分成的两个组是哪两个组，一个是H组，一个是L组。H组是这个基因的高表达组，L组是这个基因的低表达组。我们要准备的就是这两个文件。

要准备这两个文件，我们需要有我们之前准备好的基因补缺后的文件作为输入文件，还要有我们的运行脚本。

我们打开cmd，用perl运行我们的脚本文件，等待运行完成，我们就可以得到两个文件，这两个文件就是我们GSEA富集分析的输入文件。

2、GSEA富集分析
准备好GSEA的输入文件后，我们就可以进行GSEA富集分析，我们可以得到这样一个表格，第一列就是我们通路的名称，如果我们这里做的是通路的富集分析，那么我们第一列就是通路的名称，如果我们做的是GO的富集分析，那我们这里就是GO的名称。接下来就是富集的打分，我们对富集的打分进行校正，可以得到校正后的打分。接下来就是富集的显著性，这个P值越小的话富集越显著。除了得到富集的表格之外，我们还可以得到这样的一个图形，首先我们看一下左边这个图形，它的峰值出现在h组，也就是我们基因的高表达组，也就是说，我们这个基因表达越高，通路越活跃。右边那个图的话正好相反，它的峰值是出现在低表达组，也就是说我们这个基因表达越高，我们这个通路反而越沉默。