TCPA蛋白数据库独立预后分析-生信自学网

TCPA蛋白数据库独立预后分析
独立预后分析的目的，是为了验证构建的模型是否可以独立于临床，作为独立的预后因子，那么首先需要准别独立预后分析的输入文件
1、独立预后分析输入文件准备

这个分析我们需要把各个样本的风险值和临床做比较，所有需要整理一个表格，包含这些数据：样本代号、生存时间、生存状态、风险值、其他临床如年龄、性别、分级、分期、T、N、M分期，需要这样一个表格，需要用到临床数据和风险值的数据，然后根据病人ID，把两份数据合并在一起，做后续分析。
在整理临床的时候，因为分析用到的和提取出来的格式有些不同，所以需要整理
首先找到是否有unknow的，需要把这些样本删掉，比如age里面有unknow的行删掉
性别，男性male改成1，female改成0
字段grade，G1改成1，G2改成2，G3改成3
字段stage，stageI改成1，stageII改成2，stageIII改成3，stageIV改成4
字段T，T1改成1，T2改成2，T3改成3，T4改成4
字段M，M0改成0，M1改成1，MX一般是删除
字段N，N0改成0，N1改成1，N2改成2，N3改成3，NX一般删掉
然后用生信自学网专利脚本：TCPA14.preIndep.pl

就可以得到独立预后分析的输入文件
2、独立预后分析
单因素独立预后分析
把临床性状和风险值一个一个输入，和生存时间生存状态进行比较，分析这些因素是否和生存相关，结果中有pvalue，HR和HR CI95%，如果某个因素pvalue<0.05，说明该因素和生存的相关性是显著的，当然这里最主要的是风险值这个因素的结果，如果风险值得到的p值小于0.05，是比较理想的结果。