TCPA数据库预后相关蛋白绘制火山图 得到预后相关蛋白数据之后,我们就有了HR(风险值)和P值,可以用数据结果绘制火山图,这里用到的R包:ggolot2、ggrepel 安装方法:install.packages("ggplot2") install.packages("ggrepel") 首先调用R包: library(dplyr) library(ggplot2) library(ggrepel) HR>1为高风险蛋白,HR<1低风险蛋白 这里定义:横坐标log2(HR),纵坐标-log10(pvalue) 根据分组进行打点,分别是高风险蛋白,低风险蛋白,不显著蛋白,同时对显著蛋白进行标注,提高图片的可视性 生信自学网精品课程推荐: 《TCGA数据库m6A套路挖掘》 《TCGA单基因文章套路挖掘》 《中药复方网络药理学联合GEO芯片》 责任编辑:伏泽 作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载! |