桑基图绘制TCPA蛋白数据库蛋白共表达分析-生信自学网

TCPA蛋白数据库蛋白共表达分析和桑基图绘制
1、蛋白共表达分析
构建模型之后，我们就得到模型蛋白，那么我们希望得到和模型蛋白共表达的蛋白，看看哪些蛋白和模型蛋白是有共表达关系的
输入文件：第一个就是所有蛋白表达文件，这个文件我们对下载的蛋白矩阵整理之后，得到了impute.txt，这个文件包含了所有蛋白的表达

第二个就是构建模型之后，包含模型蛋白的文件，risk.txt这个文件就包含这些信息

做共表达分析筛选条件：cor的绝对值大于0.4，p值小于0.001
相关性检验方法：cor.test()
绘制散点图：plot()

保存相关性表格cor.xls，结果文件包含四列，分别是模型蛋白，与模型蛋白相关的蛋白，cor相关系数，pvalue
相关性散点图，参考线从左往右，斜率大于0，说明蛋白之间是正相关，斜率小于0，说明蛋白之间是负相关

2、桑基图绘制
得到相关性数据cor.txt之后，我们就可以绘制桑基图，这个图现在比较流行，经常在最新发表的文献中看到
桑基图可以对共表达蛋白进行可视化，左边是模型蛋白，右边是跟模型蛋白相关的蛋白，左边蛋白和右边蛋白有连线的话，说明两个蛋白是由相关性的，没有连线的话，说明是没有相关性的，非常直观的展示相关性
输入文件：cor.txt
R包：
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggalluvial")
调用R包：
library(ggalluvial)
library(ggplot2)
library(dplyr)
函数：to_lodes_form()
ggplot()