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TCPA蛋白数据库多指标ROC曲线绘制

时间:2020-01-31 10:22来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TCPA蛋白数据库多指标ROC曲线绘制
TCPA蛋白数据库多指标ROC曲线绘制
ROC曲线的作用:用于检验模型验证病人生存的准确程度,参数AUC值也就是曲线下面积,AUC值介于0.5-1之间,AUC值越大,说明模型的准确性越高,一般认为AUC值>0.7是比较理性的结果
输入文件:独立预后模型分析用到的输入文件indepInput.txt,包含样本ID,生存时间,生存状态,各临床指标,风险值risk score

R包:install.packages("survivalROC")
调用R包:library(survivalROC)
函数:survivalROC()
predict.time=1(输入文件futime的单位是年,这里设定为1,绘制1年的ROC曲线)
横坐标假阳性率,纵坐标真阳性率

绘制好模型risk score的ROC曲线之后,就绘制其他临床的ROC曲线,把多指标ROC绘制在一个图形里面,得到最终的结果


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