进入DCSC数据库
一、点击Compound,进入所有药物的界面
Name:名字
Synonyms:别名
Targets:作用的靶标
Targets pathway:靶标的pathway
PubCHEM ID:PubCHEM数据库ID
sample size:样品的大小
二、我们以第一个药物为例,继续操作,点击进去,就可以得到IC50的图示
Number of cell lines screened:细胞系的数目
Maxlmum IC50(uM):最大的IC50
Geometric mean(uM):中位值
Minimum IC50(uM):最小的IC50
Min screening concentration(uM):最小的用药浓度
Max screening concentration(uM):最大的用药浓度
这张表和上面IC50是对应的,每个细胞系对应的IC50值,表格的下面,可以选择到处到本地,选择自己需要保存的格式。
三、点击Volcano Plot可以得到火山图
横坐标:效应值
纵坐标:P值
圆圈大小:代表样品的数目,圆圈越大,说明样品的数目越大
圆圈的颜色:绿色代表突变会提高药物的敏感性,红色代表突变会提高药物的耐药性
表里有颜色标注代表有统计学意义,这里的筛选条件是FDR小于0.2,也就是20%
四、点击Scatter plots得到散点图
默认显示FDR最显著的,BRAF突变和野生型的对比。也可以点击Select Feature选择其他细胞系
右边是癌症类型,默认显示所有癌症的IC50,也可以自己选择对应的癌症,比如BRCA
MWW p value就代表了重要性参数
如果需要选择其他药物对癌症的影响,那么从第二步选择研究的药物,再一步一步到最后选择对象的癌症类型,就可以得到火山图和散点图。
责任编辑:伏泽
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