TARGET数据库是儿童肿瘤数据库,适合做儿童肿瘤分析和挖掘,对TCGA数据库做了很好的补充,而且针对性更强。...
ArrayExpress与Geo数据库类似,里面都存储这大量芯片表达数据,对于数据库挖掘的学员来说,ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。...
网络药理学是基于系统生物学理论,对生物系统的网络分析,选取特定信号节点进行多靶点药物分子设计的新学科。...
学习R语言可以利用很多资源,学习这些资源可以更好的学习R语言,生信分析R语言...
随着高通量检测(基因芯片/二代测序)价格的降低,全基因组检测也成为较为常规的实验之一。然而面对动辄几万个基因的高通量数据,后期的数据分析显得尤为重要。...
TCGA数据库数据下载得到表达矩阵,用表达矩阵做差异分析,可以得到差异基因,以及差异基因相关的logFC和矫正后的P值,利用这两列数据可以画一个火山图,直观表示差异基因的上调下...
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。 研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生...
以动物microRNA为例 一、 确定命名规则之前发现的microRNA,则保留原来名字,如cel-let-7。 二、 在提交新的microRNA到数据库时,按照microRNA family顺序分别编号命名,如数据库中已有mir-41,那...
GEO数据库上传芯片数据...
circRNAs 由于其特有的结构和复杂的功能机制,对其研究起步较晚,但已证实其具有重要的调控作用并在疾病发生中发挥重要作用,成为 RNA 和转录组研究的热点。...
主成分分析(Principal Component Analysis,PCA), 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法,它可以从多元事物中解析出主要影响因素,揭示事物的本质,简化复杂的问题。...
RCircos圈图用途广泛,特别是二代测序的文章,在很多文章都会用上圈图,SNP位点,基因的表达量,基因间的共表达关系,在生物学领域应用广泛。...
环状RNA简介,环状RNA注释、鉴定,差异分析,生存分析...
生物信息学R语言系列课程由biowolf.cn原创录制,旨在完善生物视频教程生态圈,满足广大学员对R语言深入学习的要求,在之前的生信课程中,经常用到R软件和R脚本,很多时候我们都会给...
课程讲解转录因子及转录因子结合位点的预测,转录因子能够结合在某因子上游特异核苷酸序列上的蛋白质,活化后从胞质转位至胞核,通过识别和结合基因启动子区的顺式作用原件,...
GDSC数据库进入网站就可以得到很多有用的数据,在线可以生成IC50半浓度图,火山图,单个多个癌症的药物敏感性散点图,所以说这个数据库非常实用。...
抗癌药物敏感性基因组学(GDSC,Genomics of Drug Sensitibity in Cancer)有英国桑格研究院开发,收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。癌基因组的变异会影响临床治疗的效果,不同的靶点对药...
通过GSEA富集分析,我们可以知道高低风险组在哪些基因集里面具...
主成分分析的目的是就是对我们lncRNA的数据进行降维,使其能够...
临床相关性分析的目的是看一下构建模型的这些lncRNA是否跟我们...
这一次我们向大家讲解如何绘制ROC曲线....
独立预后分析的目的事看我们的模型是否可以独立于其他的临床...
风险热图和风险曲线,还有生存状态图,这些图形在cox模型中出...