|
以动物microRNA为例
一、 确定命名规则之前发现的microRNA，则保留原来名字，如cel-let-7。
二、 在提交新的microRNA到数据库时，按照microRNA family顺序分别编号命名，如数据库中已有mir-41，那么之后再新增的就会被命名为mir-42。这一规则是基于microRNA的前体种子序列，在跨物种的microRNA保守性之上的，比如数据库会先后收入两条成熟的microRNA：hsa-miR-41和cbr-miR-42。
三、microRNA的发卡结构状前体(pre-miRNA)写成小写的mir，在miRBase里的ID编号以MI开头，而成熟体简写成miR，在miRBase数据库里的ID编号以MIMAT开头。再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如cbr-miR-42的前体是cbr-mir-42。
四、高度同源的成熟体microRNA命名时在数字后加上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-12a，hsa-miR-12b等。
五、由不同染色体来源的DNA序列转录加工生成的具有相同成熟体序列的microRNA，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-19b-1和hsa-miR-19b-2，其前体分别位于第13号染色体和性染色体X。
六、microRNA的前体pre-miRNA其长度大约为70~80nt，其两个臂都可能分别产生microRNA。之前通行的规则是先确定两个不同成熟体的表达水平，表达量较高的microRNA后面不加任何符号，而表达量较低的microRNA后面加上*号，如mmu-miR-7和mmu-miR-7*。然而并不是每次都能精确地确定其不同成熟体的表达量高低，还有组织特异性表达等因素，在这种情况下则以microRNA的成熟体产生于pre-microRNA的5`端臂还是3`端臂来命名，分别加上后缀“-5p”和“-3p”分别命名。如asu-miR-100b-5p和asu-miR-100b-3p，表明这两条microRNA分别从asu-mir-100b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。类似地，在旧有规则的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。
七、最初命名时*用来区别表达量高低，在无法确定表达量之前还是用-5p和-3p来区别，甚至更早时候连-5/3p都不用，用-s和-as，好混乱！从miRBase的17版开始，取消了上述带有“*”及“-s”、“-as”规则，代之以前面所述的“-5/3p”命名规则，具体可以见这篇博文。不得不说这真是一个好消息，把“*”这种通配符放到名称里一个不注意处理起来真是欲仙欲死有木有？到了miRBase 19版发布时旧有体系已完全被停止使用。
植物microRNA命名与前面所说的动物microRNA命名方式略有不同，大致如下：
①microRNA前体：以“MIR”取代“mir”命名顺序，且其后不跟有短线“-”，如osa-MIR420。
②microRNA成熟体：在“miR”与其后的数字(&字母等)编号之间没有“-”，如ath-miR420。
病毒microRNA及其前体命名方式同动物的命名方式一致。
最后，用一个图示简单地总结一下microRNA的命名规则。
 
责任编辑：伏泽 作者申明：本文版权属于生信自学网（微信号：18520221056）未经授权，一律禁止转载！ |
