exoRBase外泌体数据库挖掘(环状RNA/lncRNA/mRNA/ceRNA调
时间:2019-11-08 来源:生信自学网 作者:乐伟
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ExoRBase数据库： 外泌体（exosome），是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡，属于细胞外囊泡的一种，含有不同种类的RNA，可以调节受体细胞的行为，并且可以作为疾病的循环生物标记物，在血液，唾液，尿液等多种体液种都广泛存在。 exoRBase数据库收集的血液外泌体样本种各种RNA的数据，包括circRNA、lncRNA、mRNA等。一共92个样本，58330个circRNA、15501个lncRNA、18333个mRNA。 癌症种类：Normal正常样本32个 CHD冠状动脉心脏疾病6例 CRC结肠癌12例 HCC肝细胞癌21例 PAAD胰腺癌14例 BC乳腺癌2例 WhB全血样品5例购买课程：《exoRBase数据库挖掘》 课程目录： ExoRBase外泌体数据库简介，软件准备，exoRBase数据下载，mRNA差异分析，lncRNA差异分析，circRNA转换id，circRNA差异分析，预测mRNA结合的miRNA，预测lncRNA结合的miRNA，预测circRNA结合的miRNA，Cytoscape输入文件准备，调控网络可视化，symbol转换为id，GO富集分析，KEGG富集分析。预测mRNA结合的miRNA 软件：TargetScan、miRanda 预测lncRNA结合的miRNA 软件：miRcode
预测circRNA结合的miRNA 软件：ENCORI（以前叫starbase） (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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