TCPA数据库预后模型蛋白生存分析生存曲线批量绘
时间:2020-02-03 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| TCPA数据库预后模型蛋白生存分析生存曲线绘制 输入文件：risk.txt  模型蛋白的表达量、生存时间、生存状态 用到的R包： install.packages("survival") install.packages("survminer") 函数：survdiff()、survfit() 分组标准：蛋白表达的中位值，小于等于中位值为低表达组，大于中位值的为高表达组 绘制图形 显示置信区间：conf.int=TRUE 显示图形下半部分风险表格：rusk.table=T 横坐标刻度：break.time.by=1（输入文件futime单位为年，所以这里设定为1） 命令用到for循环，可以一次性绘制所有预后相关蛋白的生存曲线，因为这些蛋白都是经过KM筛选的，所以得到的曲线p值都是小于0.05的。 图形：  横坐标生存时间（单位是年），纵坐标是生存率，曲线是根据蛋白表达中位值分组，分别是高表达组，低表达组 图形下半部分是生存表格，表格数据是生存时间的样本生存数目，也是分为高低两组 精品课程推荐： 《TCGA蛋白质数据库TCPA挖掘》 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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