TCPA数据库蛋白风险生存曲线绘制
时间:2020-01-30 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| TCPA数据库蛋白风险生存曲线绘制 输入文件：risk.txt，用到的数据每个样本的风险值，这个风险值是根据模型蛋白表达计算出来的，然后是样本的生存时间和生存状态  用到的R包： install.packages("survival") install.packages("survminer") 首先调用R包： library(survival) library("survminer") 用到的函数：survdiff()、survfit() 根据riskScore把所有样本分为高低两组，绘制生存曲线  然后查看5年生存率：summary(fit)  图形：上下两部分 上部分横坐标生存时间（单位年），纵坐标是生存率，随着时间的推移，生存率是下降的。红色代表高风险组，蓝色代表低风险组，两条曲线明细分开，p<0.05，是比较理想的结果 下部分横坐标生存时间，纵坐标是高低风险组，数据是生存时间下样本数目 精品课程推荐： 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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