METABRIC数据库挖掘生存分析过滤和独立预后分析过
时间:2020-07-17 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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生存分析过滤和独立预后分析过滤1、生存分析过滤之前我们已经将表达数据和生存数据合并，也得到了合并后的数据文件，接下来我们可以做生存分析过滤，我们可以得到这样一个表格，其中第一列是我们的基因名称，这里的基因都是和生存相关的基因，我们使用了两种方法，分别是KM方法和cox方法，我们选出两种方法得到的P值都小于0.001的基因，把这些基因作为跟预后相关的基因。接下来是具体操作。  我们需要用到输入文件就是我们得到的表达数据和生存数据合并的文件，还有我们生信自学网提供的脚本文件。将他们放在一个文件夹内。  将脚本中的代码复制到R中运行，等待运行完成，我们就可以的得到两个文件，surSigExp.txt和survival.result.xls。survival.result.xls文件中保留着过滤之后的结果，P值小于0.001的生存显著的基因。surSigExp.txt文件则保留着生存显著基因的表达量。   2、独立预后分析过滤 在得到了生存显著的基因后，我们要看一下这些基因是否可以独立于其他的临床性状，作为独立的预后因子。这就是我们要做的独立预后分析的过滤，通过过滤，我们可以得到这样一个表格，这个表格第一列是我们的基因名称，第二列是HR值，如果HR值大于1的话就说明我们的基因是高风险的基因，后面两列是HR值的波动范围，最后一列是P值，如果P小于0.001的话，就说明这个基因可以独立于其他的临床性状，作为独立的预后因子。  我们先将保留生存显著基因的surSigExp.txt文件和我们要进行过滤的脚本文件放到一个文件夹中，还有我们之前下载的临床信息文件data_clinical_patient.xls。我们从临床信息文件中挑选出我们需要的信息，放到独立的文件中，具体操作过程可关注我们购买视频学习。   准备好输入文件后，复制脚本代码到R中运行，就可以得到独立预后分析的结果文件、独立预后分析的显著基因表达文件     (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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