生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

NCBI数据库GEO芯片检索和下载

这节课给大家讲解如何从NCBI数据库检索GEO芯片，下载矩阵文件，用来做GEO芯片的差异分析。...

Targetscan预测miRNA靶基因

miRNA靶基因预测的工具非常多，如果使用单个预测工具，得到的靶基因数目非常多，这是需要利用做交集的办法，减少miRNA靶基因数据，得到更加准确的靶基因，使用的方法就是多个预测工具分...

GEO表达谱芯片多个联合分析

GEO表达谱芯片分析的技术非常成熟，发表的相关论文也非常多，如果需要深入研究GEO表达谱芯片，多芯片联合分析提供了很好的思路，这样得到的差异基因，更加具有说服力；同时可以联合TC...

提取GEO表达谱芯片的数据矩阵

之前的课程我们讲解了如何从GEO数据库检索芯片数据，这节课给大家讲解如何从下载的数据中提取需要的矩阵文件。 下载的数据是压缩包格式，首先解压，得到soft文件，然后用UI文本编...

GEO表达谱芯片做差异分析

从GEO数据库下载得到表达谱的矩阵文件，利用R软件做差异分析，这里用到的R包是limma.R，可以得到差异基因，差异基因上调、下调，归一化处理，热图，火山图。...