cytoscape输入文件准备和子网络的构建

1、cytoscape输入文件准备
我们已经构建好了蛋白互作网络，接下来我们就希望使用cytoscape对我们的网络进行可视化，并且构建子网络。那我们需要构建子网路的话，我们就需要准备好cytoscape需要的输入文件，cytoscape的话，我们需要两个输入文件，一个是Network.txt，另外一个就是Node.txt，我们先看一下两个输入文件，首先是Network.txt。这个文件的话，第一列是基因的名字，第二列也是基因的名字，然后第三列就是这两列基因它们的关系。我们这里的话全部是蛋白互作的关系。另外一个就是Node.txt，Node.txt保存着我们这个蛋白互作网络里面它的节点的一个属性。我们看一下这个文件，这个文件的话，第一列就是节点的名称，也就是基因的名称，然后第二列就是这个基因的一个属性，也就是说这个基因他是上调还是下调的，所以我们就需要准备这两个文件。

要得到这两个文件，我们需要准备的输入文件是之前我们已经得到的string_interactions.tsv文件，里面保存着基因之间蛋白互作网络的关系。还需要我们得到的差异基因的表格文件diff.txt。

准备好这两个文件后，我们只需要用perl运行我们的脚本文件，我们就可以得到cytoscape的输入文件。

2、子网络的构建
我们已经准备好了cytoscape的输入文件，接下来我们就可以使用cytoscape对我们的蛋白互作网络进行可视化并且构建子网络，下面我们看一下这个构建好的子网络的图形。我们首先对我们的PPI网络进行可视化，就可以得到这样一个图形，在这个图形里面下调的基因用绿色的点表示，上调的基因用红色的点表示，如果两个节点之间有连线，就说明他们具有蛋白互作网络的关系。同时，我们可以将我们的目标基因用特定的颜色展示出来，比如说我们这个图里面我们就用蓝色代表我们的目标基因，然后就可以得到这样一个PPI网络。得到PPI网络之后，我们就可以通过这个cytoscape来查找我们这个PPI网络里面的子网络，这里的话我们是得到了三个子网络。

下面我们看一下具体的操作，再做分析之前我们需要在我们的电脑上安装，cytoscape，下面我们看一下怎么去安装cytoscape。因为cytoscape它要依赖我们的java平台，所以首先我们要在电脑上安装jre。安装过程我就不详述了，大家可以在网上查找安装教程进行安装。安装好java后，我们就需要下载cytoscape，我们在浏览器搜索cytoscape，进入官网，点击下载，将cytoscape下载下来。