生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

做GEO数据分析的时候，你是否因为样本量太少苦恼呢？

做共表达网络的时候，是否因为样品少图形看起来很low呢？

学员反映的这些问题，我们老师很快给出了明确回复。

样品是可以增加的
如果我们觉得每个实验的数据量太少，我们希望增大样品量，把多个实验的样品合并在一起。但是不同实验可能仪器不同，实验人员的熟练程度也不同，甚至试剂都不同，这样就会造成实验的batch差异。

我们就需要进行实验批次矫正了（batch normalization）。

当然，在GEO下载多个实验数据的时候，如果我们只需要得到差异基因，那么可以直接学习GEO多芯片联合分析的课程。

下面我们把具体的方法给大家展示，需要获取代码直接联系QQ;2749657388

微信：corale66

如何把多个芯片的样本合并：

1、需要准备的是三个输入文件，也就是我们从GEO数据库下载的三个芯片矩阵。
这三个文件就是我们GEO多芯片联合分析得到的矩阵文件。

2、有了这三个文件，通过我们的脚本，就可以得到一个batch normalization文件了。

3、接下来，我们就可以做我们想要的分析，比如大样品的差异分析、共表达分析。