单细胞测序scRNA-seq数据下载【生信分析】
时间:2019-07-30 来源:生信自学网 作者:乐伟
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| scRNA单细胞测序数据下载 生信自学网给大家准备了，生信分析如何挖掘单细胞测序数据： 《单细胞测序数据挖掘课程》 数据下载步骤： 1、进入GEO数据库主页：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/  2、在搜索框输入关键词，比如合理我们研究乳腺癌，输入“breast cancer scran-seq”，点击搜索  3、进入搜索结果页面，我们看到有10个结果，那么我们要从中找到适合我们分析的数据，单细胞测序数据是细胞的数据，所以一般样品都有几百上千，如果样品太少说明不符合我们的研究需求。 比如在这里我们用这张芯片作为研究对象” Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq [RNA-Seq]”，有1534个sampes，点击芯片标题，进入芯片详情页。  4、进入芯片详情页，我们可以仔细读下芯片的说明，已经样本信息，这里作者整理的样本比较规范，有利于我们后期分析。   5、接下来我们就要把数据下载下来，我们拉到芯片的后面，找到“Supplementary file”原始数据，下载“GSE118389_counts_rsem.txt.gz”，用于我们后面分析，有学员会有疑问，如果芯片没有“GSE118389_counts_rsem.txt.gz”怎么办呢？那么我们也可以下载“GSE118389_tpm_rsem.txt.gz”这个数据作为研究数据。  那么我们就把数据下载好了 生信自学网给大家准备了，生信分析如何挖掘单细胞测序数据： 《单细胞测序数据挖掘课程》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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