课程指南系列之GEO数据库挖掘
时间:2019-08-08 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| 对于肿瘤分析当道的今天，非肿瘤分析的科研人员，如何做自己的生信分析呢？GEO数据无疑是一个最佳选择，芯片量大，数据获取简单，分析方法成熟便捷，都是GEO持续火热的理由。 一、什么是GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。  二、GEO提供的数据类型 Series: 多个样本连接成一个完整的研究数据集，并提供了整个研究的描述，包括对数据的描述，总结分析。目前共有96445个研究。 Platforms: 用户提交给GEO数据中涉及到的芯片/测序平台，目前GEO上包含了18300种平台的数据。 Samples:用户提交给GEO的样本数据，目前平台上共有2439709个样本 DataSets: GEO工作人员根据用户提交的数据整理后得到的数据集，类似于TCGA的level4数据，目前共有4348个。 Profiles：GEO工作人员根据用户提交的数据整理后的数据，倾向于某个基因在不同数据集中的表单情况。 三、GEO与TCGA的区别 GEO主要包含各种芯片数据，也有少部分测序数据，与TCGA的差别在于TCGA只包含人的数据，而GEO是多物种的，GEO上有各种平台的数据，而TCGA只有测序数据，芯片数据的数据量较小，而TCGA的测序数据数据量较大。 四、GEO课程购买导航 接下来，我们来看下如何选择学习“生信自学网”关于GEO分析的课程 1、无任何基础，可以先学习《GEO基础入门课程》  2、希望在零基础的课程上加深分析 可以学习《GEO基础入门课程》、《多芯片联合RobustRankAggreg分析》、《多芯片联合Batch分析》 这里需要给大家说明一下两个多芯片联合分析的区别：RobustRankAggreg分析是把多个芯片先做差异，再用差异结果做RobustRankAggreg分析；Batch分析，是多个芯片做ID转换之后，Batch成一个矩阵，再用组合的矩阵做差异分析。一般情况下，学习RobustRankAggreg分析，如果自己研究方向芯片比较少，可以考虑多芯片Batch分析。  3、不管是做基础分析，还是多芯片联合分析，都会得到差异基因，得到差异基因之后，我们就大有可为了，可以做GO、KEGG、PPI网络等分析。这里推荐大家得到差异基因之后学习： 《GO富集分析》 《KEGG富集分析》 《蛋白互作网络构建》 这三门课程作完，一个基本的分析套路就得到了，当然现在文献还有做其他一些分析，大家可以根据参考文献做后续一些分析。 当然如果有需要也可以做GSEA富集分析：《GSEA富集分析》  4、当然，不是所有的学员都是分析基因的，这里我们也给大家准备了其他分析的GEO课程 单细胞测序：《单细胞测序数据挖掘》（非常热门的分析） 甲基化：《GEO甲基化分析》 LncRNA：《GEO数据库长非编码RNA芯片分析》 miRNA：《miRNA芯片数据挖掘文章套路》 环状RNA：《环状RNA芯片数据挖掘》 如果是做免疫相关的，还可以学习GEO芯片方面的免疫课程： 《GEO数据库免疫细胞浸润模式》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 免疫是当然最热门的课题，如果做GEO免疫分析，选择以上两个课程是非常不错的选择  五、还有其他芯片数据库吗？ 答案是肯定的，ArrayExpress数据库，ArrayExpress与Geo数据库类似，里面都存储这大量芯片表达数据，对于数据库挖掘的学员来说，ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。生信自学网应学员的要求，录制了ArrayExpress数据库挖掘的视频。视频主要从以下几个方面录制讲解ArrayExpress数据库的挖掘，首先，我们会讲解如何从ArrayExpress数据库下载数据，大家通过网页和R包下载ArrayExpress数据。  信自学网针对三种不同的数据，采用三种不同的方法进行分析。A，对于下载数据已经包含探针矩阵的，我们利用平台文件将探针矩阵转换为基因矩阵。B，对于下载的数据是单个的表达文件，我们先将单个表达文件合并成探针矩阵，然后在转换为基因矩阵。C，对于下载的数据是原始数据的，我们首先用R包将原始数据转换为探针矩阵，然后在转换为基因矩阵。 《ArrayExpress数据库挖掘》 六、拓展分析 PCA :《PCA主成分分析》 WGCNA：《WGCNA分析》 小分子药物：《小分子药物分析》（用得到的上调下调差异基因做药物分析） 编程：《R绘图生信应用》 《perl编程生信应用》 以上就是小编个大家整理的GEO数据库挖掘课程梳理，每个课程链接都有课程简介，和试学视频，如果大家对购买课程还有什么以为，可以联系微信客服：18520221056。购买课程之后，提供资料、答疑、发票，请直接联系微信客服，如果需要加群，加微信时备注“三群”，谢谢。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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