GEO数据库肿瘤微环境分析简介
时间:2019-11-24 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| 肿瘤微环境分析 从GEO数据下载和整理数据，然后用肿瘤微环境预测软件整理得到免疫评分和基因评分，根据免疫评分和基因评分，把样本进行分组，分别做基质细胞分组差异分析和免疫细胞分组差异分析，两种方法分别得到差异基因，这些差异基因做交集，得到最终的差异基因，用于做后续常见分析。 肿瘤微环境概念： 肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境，其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成，众多免疫细胞，如T细胞、髓源抑制性细胞，巨噬细胞等，都被趋化至此，构成肿瘤的微环境。  在肿瘤微环境中，免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的。 肿瘤微环境预测软件：  ESTIMATE（Estimation of STormal and Immune cells in MAlignant Tumor tissues using Expression data）is a tool for predicting tumor purity , and the presence of infiltrating atromal/immune cells in tumor tissues using gene expression data . ESTIMATE algorithm is based on single sample Gene Set Enrichment Analysis and generates three scores: 1、Stromal score ( that captures the presence of stroma in tumor tissue ) . 基质细胞评分：评分越高，肿瘤微环境中基质细胞含量越高 2、Immune score (that represents the infiltration of immune cells in tumor tissue ) . 免疫细胞评分：评分越高，肿瘤微环境中免疫细胞含量越高 3、Estimate score (that infers tumor purity) . 综合评分：评分越高，说明肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞含量越高，肿瘤细胞含量越低，那么可以根据综合评分来推断微环境中肿瘤细胞纯度。 精品课程推荐： 《TCGA肿瘤微环境挖掘》 《TCGA单基因挖掘》 《TCGA数据库免疫细胞预后模型》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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