NCBI表达谱芯片常用研究方法
时间:2017-06-09 来源:原创 作者:BioWolf
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| NCBI数据库提供大部分芯片数据的下载，有我们常见的mRNA表达芯片，miRNA表达芯片，甲基化芯片，对于一个初学者来说，如何下载和分析这些芯片，往往需要一些简单的知道，否则两眼一抹黑会浪费很多宝贵的时间。 在GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载研究相关的芯片数据。 每个数据集均需符合以下条件： 1、数据集来自全基因组RNA表达芯片； 2、实验使用人类癌症患者组织与正常组织对照。 研究方法提纲： 1、在GEO下载的原始芯片数据，导入GCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)在线平台。在该平台实验室内，创建一个分析基因芯片差异基因的实验方案，平台自动按设计的方案为导入的芯片数据做差异基因分析，获得差异基因。 2、利用DAVID6.8(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp)对差异基因进行GeneOntol-ogy功能富集分析(GO分析)。 3、利用KOBAS3.0(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php)基于KEGG数据库，进行信号通路富集分析。 4、最后利用STRING10.5(http://www.string-db.org/cgi/)进行差异基因编码蛋白的相互作用网络分析(PPI)。 完成好这些步骤我们就得到差异基因、差异基因的GO功能富集、KEGG功能富集、还有重要基因关系对、蛋白互作网络PPI，有了这些图和表，就可以出一份简单的报告了，这样的学习思路是不是很简单，更多生物信息学视频教程，请关注生信自学网，你生物信息学习的好伙伴。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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