TCGA数据库Counts和FPKM以及FPKM-UQ
时间:2017-08-27 来源:原创 作者:森莘
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首选你得知道如何进入TCGA数据库，知道如何选择需要的癌症分类，和数据类型，在选择基因表达的时候，经常遇到一个问题，有个选项：HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ，不少学员对此产生困惑，这里究竟应该如何选择，每个选项究竟是什么意思。 简单的讲，Counts是数据后台没有处理的原始表达量，而FPKM和FPKM-UQ是两种数据处理方法，也就是说，如果下载Counts数据，是表达量数据，如果下载FPKM数据，那么要注意这些数据是经过处理的。正常情况下，我们下载Counts数据就可以了，特殊情况选择FPKM数据也是可以的。 接下来我们来看看FPKM的具体概念，究竟是什么样的处理结果：  下载数据后，在数据分析时，用的方法也是不同的，Counts数据一般使用edgeR包或DESeq包，对数据做分析；如果下载FPKM数据，就不能使用edgeR包，只能只用DESeq包进行处理。 在使用edgeR包做Counts数据处理时，是需要对数据进行normalize的，所以我们在下载数据时，下载counts是比较常用的。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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