生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

主页 > TCGA >

TCGA下载和提取临床数据

时间:2018-01-27  来源:原创   作者:BioWolf   
微信公众号:biowolf_cn   点击:次

一、数据库：TCGA
二、内容：下载临床数据，提取临床数据
三、癌症数据：宫颈鳞状细胞癌CESC
四、方法：
1、可视化下载XML原始文件
2、perl脚本提取XML文件的临床信息，得到临床数据
五、步骤
1、登陆TCGA数据库官方网站，https://cancergenome.nih.gov/ ，点击"Launch Data Portal"进入数据库页面，或者直接登陆数据库网站：https://portal.gdc.cancer.gov/ 。进到数据库网站，点击“Data”，进入可视化选择页面。
TCGA界面
数据页面
2、选择的方法：CASE选项框依次选择——"Primary Site"-Cervix——"Cancer Program"-TCGA——"Project"-TCGA-CESC——其他默认即可
Files选项框依次选择——"Data Category"-Clinical——其他默认即可
这是右边可以得到Cases数目307个，Files数目307个，大小是20.04M
说明：Case是样本的数据，Files是文件数目，在mRNA的数据时，经常出现Cases的数目和Files的数目是不相等的，这是因为，一个样本可能有多份数据。
TCGA癌症数据
样本
3、点击"Add all files to the cart"，然后进入右上角的"Cart"进入数据展示和下载页面
说明："Cart"是TCGA数据库类似购物车的一个工具，里面是我们选到的数据界面。
4、在“Cart"页面中，我们需要下载3个数据：Metadata、"Download"-Manifest、Cart
说明：
Metadata：最后一次随访的临床数据
Manifest：样本注释文件，主要用于Data Transfer Tool工具下载数据时使用
Cart：压缩包，包含所有的XML文件，也就是临床数据的压缩包文件。
样本文件
5、TCGA数据库在数据下载有规定：让Cart文件夹大于50M时（这个依据网络情况，和下载用户数目），只能通过Data Transfer Tool工具进行下载。我们这里的Cart时20.04M，一般情况可以直接下载压缩包。注：后面mRNA的内容，我们会讲解如何使用Data Transfer Tool工具下载数据。
样本详情
6、下载好所有需要的数据之后，我们需要用perl脚本提取文件里面的临床数据。我们首先把gdc_download_20170405_074438.tar.gz这个压缩包解压，解压得到307个文件夹，也就是一本样本一个临床数据文件夹。
文件夹截图
7、把307个文件夹、MANIFEST.txt、get_clinical.pl脚本放在一起，我们在CMD里面输入代码"perl get_clinical.pl MANIFEST.txt"，按回车，脚本文件开始运行，运行完就可以得到我们需要的clinical.txt
临床数据提取

use strict;
use warnings;
#use File::Basename;
use XML::Simple;
#use Data::Dumper;

my @dirs=glob("*");
open(WF,">clinical.txt") or die $!;
if(-d $dir){
	  opendir(RD,"$dir") or die $!;
	  while(my $xmlfile=readdir(RD)){

到这里，这节课需要分析的内容就讲完了，希望对大家有帮助，如果需要获得更便捷的咨询，可以关注微信公众号。
(责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

森莘老师微信二维码
    热点内容