生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

1.     进入官网下载GSEA，可以下载下载桌面板，也可以用java版更小更方便啦。
http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp

2、把下载的GSEA安装号，就进入软件的界面。

3、准备文件。
一定要看清我文件后缀

a. 第一个文件在官网网站下载，也可不下。

b. 第二个文件是差异分析的基因，格式如下。

#1.2照写

19668是分析的差异基因总数，611是样本总数

Description是对gene的描述，因为有的学员拿回来的gene是探针名，这时候就可以在第二列写你的gene symbol，我因为去掉了探针名，所以就写的NA喽，GSEA格式就是这么要求的。
c. 第三个文件格式如下：

611是样本数，2是分组，1是啥我也不知道，嘿嘿。

第2行是组名，我做的肿瘤就分为normal和tumor,可以自行更换。

第三行是样本名，每一个样本在什么组，有多少就写多少，我写了611个。

4、进入GSEA。

将文件全部导入，有错误这一步就会报错，根据提示修改即可。

5、点击Run GSEA.

第一个选项是基因表达矩阵文件。

第二个就是官网下载的文件，这里看个人喜好，可以做KEGG,GO什么的，也可以在这里下载其他的功能注释数据库。
第三个就是自己选了，normal可在前在后。
6、探针转换基因名，我自带名称，选择的否。
如果选择True,下面的platform就要选一个注释的数据库，一般好像选第一个好像，我没试过，小伙伴们可以多尝试几个数据库。
7、 运行得到的结果。